Ð ît@wÅPã w§W@¢P9d(u¿¢Pv³8¢¢£vųÅD¿Å£å¿rv£v9v³ë ß í þè ä â ëç á â ïì þè ä áç ò ê Þ ð ß é ãç à ß Þ ã ß Þ ô þ ò ß â ß í ì ë ò àç ä ð í âç ö âçè ß á â ß óç æ ß ì ß ð ê ã & % ò ò ä ð ñ ë á â ß ó ä ß ã ò âç óè ï ë Þ ò " â ëç á ä à ß ã â w¤d'¥$Å£pÅv£vgÅ¢¤w¿·tP#t¿ã t¢P¿ç !vdq ¥v|©¿ç ñ à ß ã ß Þ ã þ ß ß ¨ â ó ß ï í à ä ò ¦ ü â ëç ã á ä à ß ã âç è ä áç ò ê Þ ð â ä ß ñ ë ã ó ß ò äç é òç â ëç ã á ä à ß ã âç âç ß ã ë à ð ì ¦ÅpG§|ÅPÅDvPovPA¦ÿPg¢PÅAÅPÅDvP·vë â ëç ã ë â ß Þ ã þ à ß æ ß ô ë Þ þ ò ß ò ä á ì ë ê ãç à ë ¤ ä ñ ß Þ ã â ¢ ü ä ã ä ó â ëç ò ò ß à ð ß ß â ß í í âç ã ß à ÅP£¦vÅ¢R£Å¢¢PÅv¤¿Å¤¥yPr££rÅ¢9¡vtPvPð î¢PytÁv¦9¡pÅÿ¿¢PÅPqÅvPÅwU§©v9||t¿ã £§b¿¢PÅPPv§ì à ß ã âç à ë þ ò ß ßè ð ñ ë á âç ß ã ë à ð è äç ã â ß ã ë ð í âç êìç ã â ß óç þ â ëç á â ïì âç ß ã ë à ð í âç à à ß î9pÅ9PÅcÅ¢P£³R9nD£Pn´¢P£PÅ9ŤUP¢oýtCPù £¿¢PÅPð âç ò ä ò ö ò ä ã ñ ä ß à ã ò â ô ë ó Þ á ï ò âç ó ß ò ï ß à ä ò ö à ë ô ã ß â ß ò ß Þ Ý ü û ù ú ò âç ß ã ë à íÅpø£¿££t¿Rvvtvp÷Pt¤vvcÅP£P¤wÅõ³epÅ£vÅí â ë ñ ä ò ðç Þ ò â ëç ã äè ß à ì ë òè ß ó ë ñ ö à ë ô ã ß â ì ë â ëç ã á ï à ã ò â ë á ß óç ôî ß ñ ë â ß ó ß ô ëèè ä ò ä Þ ä ã ä ó ò áç ñ ë ß ã ë à ð ã ï ð Þ í ï ë à Þ ãî Þ íç Þ ì ë ê ãçèç é äèç ä æ ä ã â ß á ß à ß Þ ¦RUÅ£´DRvpÅvf9tŧ9t¿£un¤¿¿ÅRåv¦PÎoÝ Õ ØÜ Ö Û Ú Ù Ø × Ö Õ Ô (¦8W¢CY wÓ Ç ¢4¦e¤@4@4¦CD4³4§q§yDR§¥ ¡ ½ Ã2 3 Q 0 ¡ ¥ 5 32 ¥ 62 E ¡ IH2 ¨2 6 ¡ Q ¥ 3 I Q 6 ¥ 3 ¡ ¨ 52 6 6 I Æ 2H2 © I2H ¡ 32 ¡ 6 ) 3 ) ¥ ¡ 2 2 6 3 ¡ 6 6 6 ¡H 62 6 ¡2 2H2 © I2H ¡ 5 32 32 © ) 0 )¾ 1 ) Q ¥ ¡ §v¤³3 4§@Ds¥ 44D4¤§4C§42 y§C¼ @¥ §¤@9§449¤4§¥ 44D4¤@W44¨ ¿v§³¨ À ¡ 3 ¡ Q ¥ Ò 1 3 I 1 I 1 3 I ¥ 6 1 5 I 5 32 2 ½ à ¡ ¡ ) Q ¥ ) ¥ ¡ 2 ¥ I 3 ¡ H I ¡ 2 ¥ 0 I ¥ ¥ I 3 I 62 )2 y¦@(GDX§DRD@§4H ) 4@4v¤@y§6 §@y¼ §R§§¥ D¼ @D@@yD|43 4§¥ È I ¨2 ¥ 6 ¡ Æ 2H2 © I2H ¡ )¾ 1 ) Q ¥ ¡ ¨ ) Ò Ð À ) Q 6 1 ) Q ¥ ¡ ¨ )2 ¥ I ½H ¼ ¡ 62 Q ¥ 5 32 6 ½ 6 H ½ 6 F4§§¤¥ 44D4¤@s ¿¢¦@³½ yPÑ@u¢¦@³3 4§R4DI 4@G4@§¥ @¤¡ Ï Ç I ¥ I 1 )2 6 6 ¡ £ E ¡ ¦@RX3 4§@¤@¦¦´¨ §W¢§ ÁG§ §½ ¤@³4§D4XD3 4§¿X4§D@¦4§@¤¢42 ) ¾ 6  ) À¥ ¡ 3 Æ ) ¥ IH 5 ¡ 5 32 3 I ¡H 1 3 I )2 ¥ 0 3 ½¾ 32 ¡ ¥ ) £ 5 32 ¡¾ 3 ¾ ) 6  6 I ¥ ¨ I ¡ ¥ 6 3 À ) 1 ¡ Q ¥ ) ¡ 0 3 ¡ ½ Í 32 2 ¡ Q ¥ 5 32 ¡ 12 6 ) 0 6 ¡ ¥ I ¨2 ¥ 6 ¡ Æ 2H2 © I2H ¡ ¾ ) )2 DCv@D@ÎD@§§W8¦@o3 8¦¦R¦4(4¤§q4@¤4§3 ¤vP¤@F4§§¤¥ 44D4¤@tD³3 4§¥ È I ½H ¼ ¡ ) ¥ Q 0 I ) £ £ I 02 6 32 ¥ E ¡ 3 I ¡ ) ) £ ¡ À ¡ Q ¥ ½ Ì Ç 1 ) Q ¥ ¡ ¨ 5 32 ¥ 62 E ¡ 3 I ¥ 6 32 I 5 R4DI o§yeD§Ds4@¦4@§¢yDs§6 £ @qÁ¦P¤§§Rwv@³o¦4@4¦yD§¦4DDI ¥ 8@DR³¨ ¤y¦DÁ¤4@¥ 44D4¤§|vD@¥ @¤§q@s44¦¨ ¤Á Fv@³f¿¾ §¦4y¡ Ë 2 ¡ I £ ) 0 1 3 I 6 ¡2 2H2 © I2H ¡ ¥ 3 I H ½ 6 ¡ ¡ Q ¥ 5 32 32 © ) 0 )¾ 1 ) Q ¥ ¡ ¨ À ¡ 3 I Æ 2 ¥ 3 ¡ 12 Ç 1 I 1 3 I ¥ 6 1 5 I ¡ 2 ½ à ¡ ¥ ) 3 6 ¡ ) 1 Q 02 Q À 6 ¡2 2H2 © I2H ¡ 5 32 6 6 ¡ 6 6 I )¾ ¡ 2 ¥ I 3 ¡ H I H ¡ ¼ ) 3 t@DRD@§4H ) 8C@4v¤@£D£ve4W¤4@¥ 44¦D4§y4§@¤@§D Á¼ §R@¤§¥ DR¤PWI ¡ ) ) £ 1 3 I 6 ¡ Q 0 I ) £ £ I 5 32 ¥ 62 E ¡ IH ½ ) £ ¥ ) ¨ ) À¥ ¡ Q ¥ ¾ ) ) 62 I £ ) 0 I ¡ 12 ¼ ) £ ¡ §6 Å£ §³D|¤eD§D4§§4¢CD£ w§6 ³ÁW¦@tDo3 @4§DR³¨ ¤s84¢P§8CÀ ¡ £ I £ 62 Q ¥ P¤DR84¦@3 » 4§DRD@§4H ) 5 ¤@3 4@¤F§F¥ @ 3 ¤G3 X¤@DRW¤§½ @3 4§F¨ ÊÇ 1 I 1 3 I ¥ 6 1 É 1 ¡ ¥ I 52 6 ¡ 1 I ) ¥ Æ 2 ½ 5 ) 0 ) 1 ¡ 6 I © 6 ¡ 0 ) 6 )2 ¥ I È )¾ 32 )2 ¥ 0 I ¡ ¥ 32 32 ¡ ¥ ) £ ¾ ) 6 ¡2 2H2 © I2H ¡ ¡ ¥ IH ½ 0H I 0 6 ¡ Q 0 I ) £ £ I )2 ¥ I 5 ¡ ¥ 32 6 )2 ¼ ¡ § ¿¦43 4§De¤@4X4¤§D@£D|¤4@¥ 44D4¤§§¤4Dq¦eD@¦D3 4@@ ¤@4½ 4¢@w& Ç ¡ 0 ) 6 Q 0 I ¡ ¾ ) 5 I ¡ ¼ ) 0 1 3 I Æ 0 I ½ 0 0 I 32 6 ¡ 0 3 ¡ ¡ 2 1 ) ¥ ¡ 2 2 6 3 ¡ 6 6 ¡ 5 ¡ ¥ I ¥ 6 6 ¡ 2 ½ à ¡ ¤§½ @eD9Dy¡ D@¤GDD@¤D4Á¤¤¤@¤ÅÄ §8¼ §¥ @¦§|42 ¤§e§§C¤§4¢¤§ 6  ) À¥ ¡ 3 32 ¡ ¥ ) £ ¡ ¥ I ¡ 0 ) ¥ )2 ¥ I ¨ )¾ 32 )2 ¥ 0 I ¡ ¥ 32 ¾ ) 6 ¡ 0 ) 6 ¡ 6 ¡ 2 1 5 32 ¥ I 5 ¡ ¥ ¢§ Á4¤§D@§P§¤X@3 4§F@ ¿¦4p3 4§¤D@¤@4WD¤¤@½ §³@§¼ ¦¦4@@ §3 » « ² º ¯ ®« ¯ ¨ ¦¥ Re¢¦¤qPP¦¦sReDG©¢§q¤ } ¹ ¸ £Gv¦¢·qPP ¶ ¶ ~ PR |¢¦¢¦WXeP¢tw} m lhp uf mµ d lph W³wo³´88³u « ² ± « ¬ ° ¯ ® « ~ « ~ ª ¨ ¦¥ P P§~ 4R¢(||¢¤q¢e¢ C¬ R§v9Ry©¢§q¤ } ¢ ¡ £¢RAq¢v ~ ~ ~ ~ ~ PP§tP8P9P ¦FX¢P¢PW¢uv¦WXeu¤PP¢tw} l h { z j h i h l r d f u d k r p d m l d d k j i d h f d |qobyoWxwwvtnsqonGW(ge T V g w i T ` iY g S w V `Y `Y V i rr¢urdyfyrw i Y xY s SY x V w a `Y `Y s q i g e ` S a `Y T T V T T dvydcbfvutrphfdcbWXW8US Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) Ç )2 ¥ I 02H £ £ I ) 32 ¥ 3 ¡ 6 ¡ £ ¥ ) 3 ¡ I 6 ¡ ¥ ½ ©2 ¥ ¥ I ¡ 2 ¥ 02 1 ¡ 3 4@44¦D8¦½ G48v¤§§WDq@DŤ@¦¦4@§§s¼ §4¤@£ X@R4@§4³D@@9¤@§4o³¨ @¢§(P3 4@De¤§v4WD @4¤§ÁDe¤¤¡ y¦444© )¾ I ¥ I 1 5 32 6 62 ¨ 6 I Q 0 ½ 6 6 ¡ ½ 6 62 ¡ ) 6 6 ½ Q ¥ I )2 ¥ 0 I ¡ ¥ 32 ¾ ) ) ¥ 02 1 ¡ £ H I ¡ 3 5 I 5 32 1H2 ½ ¥ ) 3 )2 ¥ 0 I ¡ ¥ 32 9 H F DB@ 9 7 6 I )¾ ¡ 0 3 ¡ 12 ¼ ¡ ¾ ) Æ 2H2 © I2H ¡ 5 32 Æ 2 ¥ 3 I ½ à ¡ I ¡ À ¡ ¡ Q ¡ ¥ 5 DÁ3 4§De¤@4³07 GECA08³ ¿X¤¤4¢¤Dp¥ 44D4¤§u4¢©¾ @DRvy@DyÁG§¤y§D) 04 î ð ä êèè ä à ß â ß í òç þ Þ á ï ò ò ä ó â 9År¿Dv£vÅo9|D£P³Å£Åä DwdÅtd¦£39¢f¿£t§rt¿ã ÅDvã ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ó ß â ¢ ß ó ß à ð ä âç ó â ï ëì â ëç á ä à ß î âç ì ë â ëç ã ë â ß ñ ä ß Þ ã í âç ã â ß ò ß à ð ß à ò ß á à ï ë ò ó à ä ô ë ã ó ß ò äç é ã ë â òç ó ë Þ ã ß ¿FÅxÅP£rpò fPvP¢v¦DÅPÎÅRÿ¢PÅuÅx9pñ àï © G2ü 10¦¦¥'%£Pã P¿³åvpv¢PtÎÅÅ¢ÅbD©ç xDÅPò DŦv¿RDà ( ) ( % ( % & $ ß Þ Þ ãç ô ã â ß ñ ß ß à í ä ß í ä à ß æ ä ò ã ê é ß á à ï ë Þ á ä ß í âç ã ä þ ò ß á à ï ë ò ß Þ ã â ß ß ô ã ß é ð äè à ß æ ë ì ë ê á â ß ï ß àì ß æç ã äè ß à ß Þ ã â ë ò ß í ä à ß æ ßè ó ë Þ ã ß ¢¢vtXd¢v¤(P¢ÅRWÅ£¢§FÅP¢PXrts¢tDvtvd9pñ à ï ë þ à ß Þ ã ä " ü ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ä â ë êè ß à ã ë â ò ß ë ó Þ áç Þ ô ò ß ð ê ä ã ä ó è ä ï óç æç t|¦vRF#ÁDwÿtÅÿtåvXŦÿD³¦w¤ã s£9ó î âç ë ã ê ãçèç é äçè ß à í âç â íç ò ò ä à ëì ó ë Þ ã ß ñ ô ß â ä ã â ß ò ß à ð ß ô þ à ß ð ä ð òç Þ ã â ¿PU¤¿¿ÅvrÅPPtXt§å9pt¢dvP¢C¦v(£XPb¢ ü ó à ä ó â ä ã óè ë í ä à ëì â ëç ã ä ñ à ëì â ÁÅ£Åò ÅtuFt§dt¿Rŧ9ç Þ í ï ë â ß ß â ëè ä ã ßè þ â ëç ã á ä à ß ã âç ì ë â ëç ã ä ñ à ëì âç ì ë ò ß á à ï ë ÅtvdÅy|ÅPÅDvPFxt¿RPt§9F¦DÅPò v§dwÿdvã ô ßì ß é ê ä ñ ßà ß Þ ß à ß Þ ô ò ñ òç â ä í à ë ó ßç ó ï ã òîèè ß ô ò ò ßè âç è ä áç ãç à á ò ß ñ ë á ß é ã âç ë ð òç Þ Ý ü â ëç á v³uPtg¦¿9wPe¿¿¢u¢AÅvP¿Pvp¢pÅv¢(pÅ(ogWÅPã tä î à ß ã âç ì ë ß á â ß óç æ ß í âç óç æ ë à ð ä ã ä ó ì ë ã â ï ë ñ ä ß Þ ã ò ß ò ä ß à á ß ó ó à ä ó â ä ã ò óè ë í Pvts£¢9¢¿Rstpu£Po¦t¢¢D££D¤fÅtä ò ä ß á à ï ë ò â ëç ã ä ñ à ëì âç â ä ß æ à ß ò ß à ë ã ó ß ß â ß Þ ã þ ë òè ¦ ü ò â ëç ã á ä à ß ã âç è ä áç ò ê Þ trDÅPxÅPRŧ9xtP¢¦Påÿ¢¢dWwF$¢£ÅPÅDvPs¢P9ð í âç ã áç ó ß à ð ì ë ö ò ä ã ß Þ ã à ëì ß ã äç à ð ë à ð ð ä ß é ã ë â ê ä ñ ã â ß ñ ò ò ß ò ò ä ê ãçèç é äçè ß à à ë P¢WpPÅDG£Pŧ³RP£Å(ÅpvpPP¦Å¤¿¿vt§ì ó à ä ó â ä ã óè ë Å£Åò Åtí t¢£!ð Å¢9¡p¢Åå¦P¢PÅvU£¿P£Wt¿£Å¡Å£§ ä ò ä ò ßè ¢ ë à â ëç ò ò ß à ð ß ß â ß í ó ß ã äè ß à à ë á í âç ò ï þ ßè ð ñ ä ß à ë ü|t¿RD9pÅv¢r9Å©³p9PÅDpvÎPã v ¿Å¢vtg¿PŦpÅÅvfPt§vã â ëç ã ä ã ï ð ñ ë á ß à ã ï ë Þ ãç ô ò ö ò ä ã à ß Þ ã ë ë ß çè ä à ß â ß í êèç ò ä ß ã ë â â ä á ß à ëì ß à ß Þ ó â ä ó ß ò ï òç ö à ë ô ã ß â â ëç á ä à ß ã âç âç ß ã ë à ð ä Þ áç Þ ô à ëì ö ò ä ã ß Þ ã â ë ò ó â ß ð ß £Åx¢P£bŤxt¿ã t¢P¿xvfgD³t§bPÅDrÎÅu£¢w¢9ó ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ì ë ß áç ë Þ á ß Þ ã þ ã ò àç § ü ò â ë ò ä ß à ì ë à ß é ñ ï â ä à ëì ò ï ë ß í ä ã â ä æ ó ä òç Å£ÅÅt(ųÅDGPt¢¢£ÅPŦPÁv(Xt§8£Å¢ÅDR9Å9ó òç ò ã â ß ñ ò ò ß ò ò Dt¢p¢PPtä ¤¿¿Åvt§ÿÅ£D¤xÅtfåPu£Pp£Ådÿ ê ãçèç é äçè ß à à ëì ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ä í âç àç ï ß à ã ä Þ ã ß ï í à ä ß ü â ëç ã á â ïì ß ñ ä ò ß Þ ã ß æ ä Þ ë ã â ô ë â ö ß á à ï ë ò ß Þ ã ê é ó ß ã ò ß í í ï |ÅP£§ypPGÅ£d³R£yDtd¦P¢tÅPò ò àç ä ð í âç á ä à ß ã âç ì ë ß í ä ã â ß á à ß ð ß Þ ã ò ä Þ á ï ò "þ ó à ä ó â ä ã ò óè ë D¿Å£ÎPã t¢PGUt¢Dv(fPt´D£PoÁD££D¤´tÅí gPpã ¦wP¢à ä ëã áß ðòß Þ ãç ô ê ãçèç é äçè ß à êìç ã â ä ï ò ó ë Þ ã ß ñ í âç ã òç ß èè ä êè à ä ß â þ à ß æ ß ô ë ü û P¿³ÿ¤©¿£¿¢Pÿ§©£££PpfPÿ¿¦W¦vtvRFù ú ¢(¤ã ûòß ð ê ã â ß ñç à ß ð ß è ä ï óç æç ó â ß Þ ã ì ë ò ß ã ä à à ë à à ß í âç ã ä ñç ã ò vpP¢w9Å£9¿9w¿ç PFŦPtPvÿPpP¢ß Pg¢Pv9¢udPä ë ã ó ß ã ä áç ó ß ó òç ß à ï ã îPv©GÅx99wé ÅbWD£G§R¿U(ÎpAÅPÅDvP£Pã PPÅ(Pò à ß ãçè ì ë ê ó ë ß í à äè ä þ Þ á ï ò ò ¦ ü ô ëè ß é ê ä ñ â ëç ã á ä à ß ã âç ã ä Þ í âç ã à ë ð ð ï ò ß á à ï ë ò ß Þ ã ì ë ò ßç ãçèç é äçè ß à è ä ï óç æç ó âç ß Þ ã ß á âç ò ó ß ß ã â ä à ä ï í ã ë â òç â ëç á ä à ß ¢v£ÅPp£PsŦ¿©¿£¿¢Pyw99£u£Pu£f¦vtÅÅ£ÅX£Gåt¿ã ÅDvã îâ â ¿ç ä v£vw£Åvá t¿W|vfvtsv¦DÅPR£P¿få¦PPÅ(Pò âç ß á â ß ó ¢ â ë Þ íç Þ þ â ß Þ ã â ß æ ü ò ß á à ï ë ò ä ã ä ó ßè ðç ãè ï ñ ê é ó ß ã à ë ð ð ï ò â ëç á ä à ß ã âç à ë æ äì ë ã òç à ß ô ò â ä ß â © üç à ëç à ð ä á ß ð ò ï ò ß é ê ä ñ ó ë Þ ã ß ñ ã ä Þ £t¿ã t¢P¿ÅÅdPGvwu£G@Pt¿rXã ¦wP£P(Upå£PpXR£ã ê é êè ßè ë ò ó ß ã à ë ð ð ï ò ò â ëç á ä à ß ã âç ë ò þ ò ß æç ãç ò ë ð ß òè äì ê â ä ñ Þ ãç ô ã ß ê þ ß óç A¿¢¿tv¦PPÅ(Pr£t¿ã ÅDv¿xP³v¦ÅP¿wåPgÅpÑP¿³dt³Å9³ô îvtvtrÅPÅDvt8ÅGv£vvDvß ¡ ë 9Pvo9£ÅtP§Å9t¿pÅ9ß ß ñ ë â ß í â ëç ã á ä à ß ã âç ì ë ß á â ß óç æ ß ò à ó ë Þ ã ß ñ ã ï ð Þ í ï ë à Þ ãî Þ íç Þ ä þ ßè ð ñ ä à ë § ü ¥ â ëç á ä à ß ã âç ã ä Þ ã à ëì ß á â ß óç æ ß í âç ã ï éç à ã â ë á ò ß á à ï ë ò á ¢ç á ß ð ò ß Þ ã ì ë ê ãçèç t¨Å¦t¿ã ÅDv¿qRwPŧwv9vy¿9PÅy¦DÅPow¤v¢(³£Å¤©é îvy£v(sÁŧÁt¢Å8£Xt¿ã ÅDv¿ÁÅvÅ£³qv£vw£Åvá äçè ß à ó â ä à ß é ñ ï â ß Þ ã à ëì ã â ï ë á á ä ã ò ï ñ â ëç á ä à ß ã âç à äè ï áç ã à ä ð ä ì ë ß á â ß ó ¢ â ë í âç ã ä ñç ã ò ß þ ò ï Þ Ý ü âç ä ñ ë ó ß Þ ã à ß æ ë ß í ä à ß æ ë á ó â ä ê á ä à ï á á ä ì ë ò ñ à ß ã âç ò ßç à ä P¿¤¦vwo|Å9F£P8vÅRÅDvtR£vÅD¢Å(ÅyP¢Pu¿¢Ræ ß á à ï ë ò è ä ï óç æç ó âç Þ á ä ß ã ä Þ ã â ß ß é ò ä Þ â ëç ã ä à í ß ã âç ì ë ß í â ßèè ä Þ á à ë ä ñ ß Þ Dt(£9¿£¿DŦRwP¢v(qÅ£ÅPtvtÁoÅ£v¿Å£DŤ¤ ³oÝ ü ò ß â ß í í â ë ñ ä ã òç ß Þ áç Þ ô ò ðç Þ ò â ëç ã äè ß à ß Þ ã ì v¦vtutp9¡D³o£wÅPRvWë vGt¿R£v©Åų¢ß ¡ ë ô ßç æ ß æç ã ä â à ß ãè ä â ä ò à ß ð ê ã ä ã ä ó â ëç ã á ä à ß ã âç Þ á ä ß ß á âç ò þ ò ö ò ä ã òç ò êè ä â ä à ëì ó ß ò ï à ß ã äè ß à ä ò ö à ë ô ã ß (¤DRUÅPÅDvtDÅ¢Xv£¿P¢PÅDP9¿Å£Ft§d¦w³vPyo9Pt¤vâ ß ò ß Þ ã â ß Þ ô ä ã ä ó àç ß Þ ã ë ã âç ã Þ íç ò âç ß à ë ñ ò ã òç í ëè ëç é ß æç í ò ß á à ï ë ò ß ò à ß æç P¢v£³v£PtÅP£¿PtstÅÅFÅÅs¢DtPDvÅ9ó ŧì ñëà ò öà ë ôãß â óßãäà íßã â 9Pt¤v´¢RDÅv¢ @£t¿RD9pÅvdÅÅ£t¿9ÅÅ¢³§ÅvpvD9³Pvâ üè ä â ëç ã ä ã ï ð ñ ë á à ë þ ê à ä â ëç ã ïè ë æ ß þè ä áç ñ ß Þ á ëç é þ áç ã ß Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) Ç 6 ¥ ¡ 6 ¡ ¥ ½ ©2 ¥ ¥ I ¥ 3 ¡ ¡ 2 1 Æ ¡ ¼ 6 ¡ 6 ½ £ ) 5 Q 0 I ¡ ¡ 0 32 6 s q 6 ¡ Q 0 I ) £ £ I )2 6 6 ¡ 5 ¡ 02 ¥ 6 ) P§¤§s@¦¦4@§§v¤§ÅÄ Á¤@¦y½ § XeDq¤4@t ¤r¤eD@¦Dy3 4§@¤@ ¤§q4@42 5 4H ¡ 1 ½H 0 32 ¥ ) 3 ) 1 ¦4¦4³Dy¡ Ë P¦½ @ re§DP§¤@F¦¤Å¤¦4vG@WD4@¤4³DR@§D³o4|7 p Ç 6 £ ) 5 Q 0 I ¡ 6 ¡ ¥ 3 ¡ 1 3 ¡ £ ¡ 1 32 Æ © ¡ 6 ½ H I 02 ¥ 3 ¡ 12 6 I Q ¡ ½ 6 I ¡ ¨ 62 Q i h fH (g07 @ eD@@¢¢yvW¤ÅDG3 §4@DR³¨ ¤CD4³4§¤Rc §v¤4qÁo3 4§@4³¦@£DRq|7 b d ¨ I Q ¥ ½ Æ © ¡ £ I £ ) 62 I £ ) 0 IH2 ¨2 6 I 1 ¡ 2 ¥ 3 ¡ 12 ¡ À )2 6 62 ¨ © ½ 6 ¾ ) Æ I 1 ¡ Q ì ë ß á â ß ò é ä ß Þ ã âç â ëç á ä à ß ã âç ß ã ä áç ó âç êè é äçè ß ê ä ñ ò ß á à ï ë ò ãç áçè ð ñç è ä à ß æ ß Å£¢wu£PUt¿ã t¢P¿PR¢£¿¿¢Pà ³¢vtX©vpÁDvÅ¢ò ñ ë àì ß á â ß óç æ ß ì ë â ëç ã äè ï ñ ï á á ä þ â ëç á ä à ß ã âç ì ë ò à ë ã ä áç ó âç à ë ë ð ß tP§£¢9¢sfÅP£vvÅÁ|t¿ã t¢P¿sÅFDÅRv9£yÅw(é U¿ä ê ä ñ êèè î ï óç æç ó âç ò ß á à ï ë ò ãç áçè ð ñç Þ í ï ë Þ Ý ü ò à ë ã äè ï í ß à à ë ò â ëç á â ïì ó ß ã äè ß à ß æ ä 99¿£¿d¢vtf¿¿pvÅtoø¢tPtvdtd£t¿ã ££§n¢RvåÅ£Þ ê ä ñ ò ß â ß í ò ßçè ð ñç òìç ã ë ñ ß á â ß ï ß ò è ä áç ã â ß óç ì ë ß á â ß ò ß à ð ßèç Þ ¢£vÅ¢¿p¿PÅv£v£t8vP¢9ov£vP¢r³ô t¿ã t¢P¿ç â ëç á ä à ß ã â è ä áç ò ê Þ ð ì ë ß à ï ò ä ß ñ ãç áçè ð ß â ä ß à ä ò ê ä ò ò ä óç à é ê Þî ë ô ã ã ò ä ß ê þ ßè ð ñ ä ß à ë ¢P9£oÅP£t¢p¿¿9ÿÅrPÅ9PÅÿ@ŤŦÅÅp¡Å§ üÅvtò PbfÅtvRvrpÅPd£Pb¢t¿PPtrPÅ¢¢Åf¤Îv³f£¿â é ß á à ï ë ß Þ ã ê é ê à ë í ß ã ä á ß ñ ä ò ß Þ ã ó ß â íç ò ò ä ß à ä ò ß â ß í ë ô ã â ß Þ ô í âç ã ë ê ó ß æç à ß ó ß é â ä á ò ðç Þ ò â ëç ã äè ß à Þ áç Þ ¦ÅP¢9u(åÅvF£P£ÅP¢PbD³ô ŧo0 G$!3( ¦$ a `YWÅ(ÅP¢¿¢£vÅí ñ ëàì ( $V ) & T T S XT à ë þ êè ã á ß àç ó ò ß â ß â ß ß ô ã ß é â ëç á ä à ß ã âç ß ã ä áç ó âç Þ áç Þ ô ( $ V ) vv¤(ÿÅPã t¢PPR¢£¿xD³y0 G$!& ( ¢$ U ¦¤ ¢w¿P£t¿RvÅ£ÅPã T T S R ò ðç Þ ò â ëç ã äè ß à ì ë ò â ëç î¢Åbt¿©Pt(f9RPÑD³p¦DÅPgDRÅr¢(¤Î¤dv9P£Åvbß à ß ò ò ä ß æç ãç ò ë ð ß óç æ ë à ð Þ áç Þ ô ò ß á à ï ë ò ä ã ä ó ì ë ò ß ð ê ã ë ô ã à ß óç ò â ë á ü ò ãè ï ò ß ó ß ã à ë ð ß à èè ä à ëì ò ß â ß í D @ A @ ì ë ò ã ß ò ß ò ß Þ ã ß ò ï ß ü ã ò ä ß ê âç â ëç á â ï vD©£¦Pà ¢tw¢PÁt§¢¢ÅuQPÅovP¢y£ÿ¨¢Å¦ÅU¿Ut¿ã £§ì â ô ë â ö Þ ãç ³R£bP¿³ô &¢£pt£tP£f³Rrt£F¦vtP£Åp£Åsë H DI ëã óßàä ð ñ ëá þ êä ô Þãä ð â ôë â ö ä ß æä Þ òß âß í ßò ïë ñ à ïë ì H D F ß à ß Þ ô þ ß í ä à ß æ ë á à äèç ñç ò âç ä ã é ë ß ô ê í ß ã ä à ã ò òç Þ ã Þ ãç BGv£³tÅÅ¢ÅRÅp¿PAD9ÅÎtvP¤·©v ¢¢vtnÅPã ü ò ß á à ï ë ò â ëç î t¢P¿uvP¤t¢GRÿ¿ft¿Rŧ9r£PttÅpÅ9wDF¢£vÅí á ä à ß ã âç ß ß à Þ ã ã ò ä ßè ã ä âç â ëç ã ä ñ à ëì âç í âç æ ä Þ ß ò ë Þ ã í â ë ñ ä êè ñ ë ó â ä à ò ß â ß ßò ï ë ñ D @A @ ßò ë ë Þá ó â ä ãò äß £tprCBE£Db£ÅyÅ¢tê Gtå¢RDÅrCBP£C¢PÅDRó âç òì à ë ó ß ã ä ã ë â â ä D @ A @ ß Þ ã ß ò ï ß ô þ ò ã ß ò ä ã ä ßè é ä à ä ð ñ ë á ß ã ä ß à á ë Ý ü ò ß á à ï ë â ëç ã á ä à ß ã âç ì ë ã ß ò ä ó â ä ò ß â ß í ì ë ã ß ä êìç ÅÅ£pÅpP¢UW¢¢v£ÅPò ÅPÅDvtÅXvbwX¢¢ÅÅPò b§¿Pã î â ß óç ã ò à ã ò ï ñ ß ô þ ö ò ä ã ã ò à ¢ ß Þ ã í âç ò ò ß à ó ó ä ß à ëì ß 9¢9D£¢ ¤wWCtw#PPP¦P9£ÅPt§9 |t¿ã t¢P¿ÿDŦŧì ü â ëç á ä à ß ã âç Þ á ä ß à ë ê ãçèç é äçè ß à ò ï ò â ß ò â ë á ä âç ä ã é ë ë ã ò ßç ãçèç é äçè ß à àç ß Þ ß âç é ñ ë á 5 7 ó â ä â ëç á ¤¿¿v£P£¢£tÿAD9ÅÿP¢P¿¿Åvp¿¢Pã tu8£ÅAt¿ã Åä î¢PFR£u£¿Rv9£¢Dtyt£vtP§¿PÅ£ 64D³o¦ £D¢Pã à ß ã âç ã ä Þ ã í âç ã ä áç ó âç ò ß á à ï ë ò ì ë ê á ä à ï á á ä ß Þ ã êìç ã â ä ï 5 3 Þ áç Þ ô ò ß ï ç â Þ á ß â ë ßà ß Þ ò ï á ëì Åv£9§ß U¢PU¢v¤(F£t¿ã ¢£ÅvU§¿P¢9dPo¦DÅPåÅPÅDvPã ü ñ ß Þ ã â ß ß ô ã ß é ò â ëç á ß â â ë á êìç ã â ß óç ë ã ò ß á à ï ë ò â ëç ã á ä à ß î âç ß ã ä à í ß ã âç ó â ä ò ß ó ë â ò ä ò âç ß ã ë à ð ã â ß ò ß à ð ß à ò ö à ë ô ã ß â â ëç á ä à ß ã âç âç ß ã ë à 9PtvPf£Å¢£FÅG£vPÅP£Ft¢¦P£v³9Pt¤vUÅPã t¢Pf¿¢Ps2 Ô Ö Õ ) Õ 'Ü S %ÖÜ!Ü # Ü! ¨C10((¦¨&g¤"$" vR8wWg¨9e Á w Ù Õ Û× ÚØ T Ö ü ó ë Þ ã ß ñ í âç ã òç ß ß Þ ã â ä Þ ã ò ã â ß ñ ò ò ß ò ò |£PppP9PwPvpPP¦Åä ê ãçèç é äçè ß à á ß à à ë á âç ë ã ß æç ãç ò â ß ò ò ò ßè òç ó ë Þ ã ß ¤¿¿vã ¢Åw¿fpÅP¿£¢P¦¿x9pñ t¿RDÅ¢P¿pt¿R£v©ÅdPã â ëç ã ä à í ß ã âç ß æç ã ä â à ß ãè ä ß Þ ó â ä ò ó ë Þ ã ß ñ ò ï ëç æ ß à ð ë ã ß æç ã ä â à ß ãè ä ßè é äç æ ä òç ó ë Þ ã ß ñ ã â ß ñ ò ò ß ò ò £G9PvowÅ¢P£PXÅP£vP¿ÅpFf9Pvpo¢P¢PPtä ¤¿¿ä ê ãçèç é îçè ß à ó ß ò ë ð ë à ð à ï ë ã ä Þ ã ô ë Þ ò ò ãè ï ò ß à à ï ©vp¢Pt(ÅÅR£AR£¿¦PG© v9ŤuPtPRtv¿£PÅ¢£ä ü ò ö à ë ô ã ß â ê à ë ã äè ï í ß à í âç â à ä ßè ó â â ëç ã á â ïì âç ß ã ë à ð í âç à à ßì âç ò ö ò ä ÅP£§fvdP¢§9¿³¨9tã ¦P¤£³Ró ¤fÅåt¿R£uÅá 9Pvñ ñ äßàãò â ôë ë ô ã â ë â ëç ã ä âç é ñ ë ó ë Þãß â ëç ã ä à í ß ã â ó â ä ã â ß ñ ò ò ß ò ò t¿RDÅ¢P¿ç £ÅovpPP¦Åä ¤©¿£¿¢PDŦÅGv£Å§Pv(¦P£t¢pUD³ô ê ãçèç é äçè ß à Þ á ä ß ì ë ß á â ä ñ à ëì à ß ð ò ß à ï ò ä ß ñ Þ áç Þ ê í ß ã ä à ã ò â ëç ã ä ïè ä æ ß áç ò âç à ã ß â ä ß ò ë ð ë à ð Å¢P¤ÅPRw¿Å¢P£¿PuÅPt(Åoß RDvP¿8¢¤P³Pã tP§ì ü £ ù ß à ï ã ä à ß ãçè ò áç ã òç ã ä ã ò ß Þ ñ ëà ßè é ä áçè ð ð ä ò ¿Åv¿£Ftä §¿PvXyt¿R£v©Åä ¢³ÅWvoÅXù ©RDvP¿ÁvÅt¿è êìç ã â ß óç ß ô ß æç ã ä â à ß ãè ô ß â ä ò ä èè ß ô ò ä û ¥ ù ù ß à ï ã ä à ß ãçè è ä áç í ë î ëç é ß Þ âç í âç à ä ß ð ð ä § ß ï ç â Þ á ß ã ß â ë ß ò ï ß ô þ ò ßç ãçèç é äçè ß à ì ã ¿¦w£¨ £D¢PytX£X9v¦¿©¿¢Pë ÅPRDÅ¢P³Å§ â ëç ã ä à í ß ã âç à ë üv¦¿©¿¢P¢t¿PÅsv£Åy¢DtXw99£³PwuÅPRDÅ¢PPã ò ßç ãçèç é äçè ß à ó ß â íç ò ò ä àç ß Þ ã ó â ä ò ß á à ï ë ò ä ã ä ó è ä ï óç æç ó âç ß Þ ã ì ë â ëç ã ä à í ß ã âç áç ţÅŤuÅPã t¢Puv¦PÅvyyP¢qŧ8¦¿tvP¤ò òçèç é ä é ë à ð ê é ö à ë ô ã ß â â ëç á ä à ß ã âç âç ß ã ë à ð ó ß ã Þ íç ß ô ä í âç ã ä ß à á à ëì ò ßç í ß ã ä à ã à ß óç ò â ë á â ß Þ ã ß v9P£Åvåvÿ t¤Cú ¦¤¢£tCD¦P³vpt¿PÅä ¤¿¿ÅvrPFtwð ü û ù ¥ £ ò ß ï ç â Þ á ß ã ã â ß ñ â íç ò ò ê ãçèç é äçè ß à í âç ã òç ß à äè ï ð ë ë ôã ëã ó ë Þãß ñ à ï ë ¡ßà ä ð ñ ëá ß ü öò ä ¤pd9p³t¢wtÿ¨(PÅDã ¦P¤£³Rdf¿XP£Ft§GÅv¿ð ñ ä ß à ã ò â ô ë ó ê â ä âç ß ò ï à ëì ßè é ä áçè Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) Ç ) ) Q ¥ ) 5 32 6 ½ ¥ 6 ¡ ¡ ¥ 32 ¾ ) 6 ¡2 0 ¡ £ 6 ¡ Q ¥ ) ¥ 1 ¡ ¡¾ 6 3 I ¥ 1 3 I 6 ¡2 0 ¡ £ 6 ¡ Q ¥ ) 3 I 32 HH I ¥ 3 ¡ P6 5 4H ¦@ o4@¦8¤@¤@4DW4¤¤@s§§¤@§¤De§yD8¤4¤@8¤@D¦Dy4FÆ 4D@v¤³¨ È §¤Å¢§@D³q4e4W³¤¤4¦u3 4@De¤§v4CD³Å¢vDo@sDyoÁ§¤9 @D) 5 2 ¡ £ E ¡ 1 ¡ ½ 6 I ¡ ¨ 62 Q 02 Q À ¡ 0 3 ¡ 12 ¼ ¡ )2 ¥ 0 I ¡ ¥ 32 ¾ ) ¡ £ Æ¥ Æ 3 I ¡ 6 ½ ¥ ) 3 ) 1 ¡ À ¡ ¡ Q ¡ ¥ í âç ó à ë á á ä â ëç ã ä â íç ò ß ó ä í âç à ä Þ ò ò àç ä ð ì ë & & T T ¥ & ß Þ ã ò ß ã äè ï áè ä á ê ãçèç é äç 9t¢Åut¿R£t¿P¢yyPÅ£qD££ÅF8¦U a SE P8¦PRvÅv¤¿¿Åè î ß à ì ë ß à ï ò ä ß ñ ó â ë á ß ò ß Þ Ý ü â ëç ã á â ïì ß ñ ä ò ß Þ ã Þ ãç ô ß á à ï ë ò ß Þ ã ê é ó ß ã ò ß í í ï vPÁ³PŦpwŦGos|ÅP£§opG£PpP¿³³DtyPuu¦P¢tÅPò ò àç ä ð í âç á ä à ß ã âç ì ë â ëç ã à ë ð ë à ð ß Þ ã ã â ï ë á ã Þ íç ñ ß ô þ ßè ð ñ ä ß à ë § y D¿Å£UPã t¢PÿÅPPÅ(ÅXt£Åt¿pp8Åp¡tü !B'x ß à ï ò ä ß ñ òç Þ ã ß ã ë â ß ó t¢pGPÅvß ü ¤ù ¥ ù Dt£Pã U¦P£G£8¿ÅdPXt¿Rvà û ù ß á à ï ë ò ß Þ ê é ó ß ã ä ã ë â â ä ò àç ä ð èè ä ë ã ß æç ã äè ß þ ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ß Þ ã ë ã í âç ó à ë á á ä â ëç ã ä â íç ò ß ó ó ß à ä Þ ò â ô ë â ö ä Þ ãç ô v ß á à ï ë ò ÁD££D¤Åt£PGP³9DÅvvÅuÅPRwŦ9¢w³R£Gu©³ÑwvtGä ñ ë àì ò àç ä ð ì ë ŧÁD¿Å££X% & " C¦©GV S PWÅä us¤¿¿vW¦PRvÅvPÅ¢py¤D£¢ oÝ T V& S& ß Þã ò t r ê ãçèç é äçè ß à ò ß ã äè ï áè ä á ß à ï ò ä ß ñ ã ò à ßÞ ü ã ë â ò ß ë ó Þ áç Þ ¦o¦9fD³ô D¿yPt(Åð £D£Åò Åtí ó àç Þ ã ä ß ò ë ð ë à ó â ä ó à ä ó â ä ã óè ë äâ ·të vgD³¢CD¦PvR¢P¤pñ ³ë ¤v9wÅUÿ |t¿ã êè ß à Þ áç Þ ô ò ß ï ç â Þ á ß ã ã â ßè ä æ ß à ð ã ò ë ß Þã ì ë ôã à ß óç ò â ë á ß ü â ëç î ä á ëè à äè ïèè ß á à ë â ëç ã á â ïì þ ðç Þ ò à ß é ñ ß ñ ßè ð ñ ë á âç ß ã ë à v9¿³Å£¿vvFÅUÅP£§9|P¢wuvpd¿ptU¿¢Pð ¢£P³Å9|t¿P¢ð ó ß à ä Þ ò à ë þ â ëç ò ò ß à î ß ßâß ¡vtí ¦P¢PÅvFÅåD£Pw|Å£D¤UÅtdP³¢¢vÅÅU¢w¤tÅ£ ç ó ß ã äè ß à à ë á ò ä Þ á ï ò þ ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ä ë ã ã â ß ñ ß ß à í ä ê é ó ß ¢ç ã â ä ï ò ß á à ï ë ò ä ì ë ê á ä à ï á á ä ß Þ ã ß à ß Þ ô ê ãçèç é äçè ß à í âç ã ä ñç ã ò ß à ëì ã òç ß ò ó ë Þ ã ß ñ ê â ä DtFÅt£vtqv³y¤©¿¢P¿RP¢Wt§|9¡89pGÅåh üÅÅtÅ¿Åÿe t¿bPtu9£ÅtP§oRåÿPÅvPAÅågt¿PPtä ê Þ ð ä à í ëèè ä ã ò ê à á ê ä àî ß öçè ê ä ò ò ä ã ï ð Þ í ï ë à Þ ãî ô ëè ä ë ã ß à ë á ò Þ íç Þ ä â íç ò ò ã ß ê þ â ëç ã ä á ëèî ë á ß öçè ß ð ê ã ãç áçè ð ñç â ä à ë óç à é ê Þî ë ô ã ã ò ä ß ê ß öçè ß ð ê ã ãç áçè ð vÅ|t¿R¢euÅ¿(¤¿¿£åÅÅPe¤³¤t¢ÅÅ¿(¤¿¿£ß ã ï ð Þ í ï ë à Þ ãî Þ íç Þ ä ë ã ß à ë á ò ô ëè ä â íç ò ò ä ã Þ íç ñ ß ô þ ßè ð ñ ä ß à ë ü â ëç ã ä ñ à ëì â 9£ÅtP§ÅFyPyÅxR¿ÅÅtt¿pÅpWÅ£§ |t¿Rŧ9ç ò ã âç ß á â ß ó ¢ â ë á à ï ë ò ã á ß p ß à Þ áç Þ ô ß ð ê ã Þ á ä ß ë ã ß à ë á ò ê ãçèç é äçè ß à ä â íç ò ò ä ë D©ç ¿G£¢9w£toÅ¢£qPdD³y(¤rDÅ¢uP³ÅvP¤¿¿Åvdt¿PÅuã òç ö ò ä ã ã ò à à ï ë þ ò ß ð ê ã â ëç á ä à ß ã âç ó â ä ò ß á à ï ë ò ä ã ä ó à ï ë ó ß ¢ç ã â ß óç í âç æ ä Xt¤D£¢ tRv¦w¤t¿ã t¢P¿£8¢vtyqÅ¢£EP¢9GG ü ò â ëç ã á ä à ß ã âç 5 ( ¢£ÅPÅDvP³0&'a¨Eae2 aI © BgÅ4£Å³5 I1¨g¨b( )a`2 © D f¢v¤(é F7 3 F i F h 7ü 3 ó â ä H# (@H 09 F ö W âßß ôãß Þ ãç ô ò ß á à ï ë ò ç ò ß æ ä Þ ß ô þ ß ò ï ë ñ â ¢ ü ò â ëç á ä à ß ã âç 5 9 0 ( % % F P¿³¢vtdPyt£G9ÅP£t£v£t¿ã t¢P¿61@ b&''P)ce2 © ÅdQ3 £Åä öYA óâ 5H F (@2(FH7 F P$cIPb¨'1'&a`2 © X¢v¤(´©³u¢v£ÅPpŦÅr¿¿ptt¿¢ADã ö Y W â ß ß ô ã ß é Þ ãç ô ò ß á à ï ë ò ã ò ä ß ê ãç áçè ð ñç ã Þ íç ß âç ä î é ë ß ô þòãßò ß âßí 9tCvDPu¢ÅD QBEPGŧì vPÅ£vPbDt¢rv9wÅEt¤£ SoP£ð @ A @ ß Þ ã à ë êè ß ã ä à ä ð ß ò Þ á ä ß í âç à ß óç ò â ë V ü £ ú U û ê ä ô Þ ã ä à të ¢v9PpÅvÅÅÅé £ä Sû ¦¤£ÅP£§ÿv¢ÅprRSû ¦¤û ¢P£t¿R¢xè ò ò ß á ë à ð è ä áç í ëè ëç óâ þ U ¥ £ û â ëç ã á â ïì à äè ï á ßè ë ñ þ U ¥ £ ¥ û û â ëç ã ä á ëè à äè ï îè ß á þ £ û ê ãçè äç ã â ß ò ò ß þ û ¥ £ û ò ß ð ê ã ë â ß Þ ð þ T û ß ò ä Þ ¿vvgR¤¤¿PvPP¦xû ¦¤¢(¤Åv£xS¢PÅ££ð vvgR£ ¢9¿ptá vð èè ß á þ û ò ß ßè ð ñ ë âç ß ã ë à þ £ û ò ßç à ë í ß ã ä á âç ß ã ë à ð þ R û ú £ û òìç ã ë ñ ß á â ß ï ß ò þ û û ò ß á â ß à ßì ß ß à ï ã ä à ß ãç ã ï ë é ¤¢PtÅvR¢Ñ¿¢PÅPGS(D¤©pbv£v8P¢v£vv§vPà PRDv©è 9twÅä â ëç ã ä ñ à ëì âç ß ò ï ß ô þ ò ß á à ï ë â ëç ã á ä à ß ã âç ãç áçè ð ñç ò ÅPpŧ¿P£pÁ¢¢v£ÅPò ÅPÅDvt¿¿£X¦ ¢£ÅPÅDvty5 Q8PI&7 ü ò â ëç ã á ä à ß ã âç 70 2 H 6F !GEDC0 © @ B7 £Å5 % )' © 3 v¢¤vwx©³¦w¤p3 3 £WtwÅpÅ£§ #33 AF óâä @ 09 â ß ß ô ã ß é Þ ãç ô ò ß ð ê ã ßò ï ß ô þ ßò ï ë ñ à ë ü¢£ÅPÅDvty5 8'¢)54 © ÅC7 £5 2 1)!¨! © C7 v¢¤vwΩ³¦w¤£¿ã ò â ëç ã á ä à ß ã âç 0 2 7 6 % 3 ö@ óâä 0 ( ID â ß ß ô ã ß é Þ ãç ô ò ß ð ê ã ã á âç î òç ó 3 9f$7 Åwfo¢Å¦Årt§qÅtDvtRá v£PA£ä ¢(¤GÅ·¤¿Dvt¿9vt¿ã ß æ ä Þ ß ô þ ã ò ä ß ê à ëì þ ß í ä à ß æ ë àç ß Þ ã ó â ò ß ð ê ã ì ë ê ãç ò à ß æç ó ì ë â ëç îv9£rpÅP¦ ü B'&$¨!¨£Ån£í Å¢¢Pv¿D©Åv·©³Î¦PÅv9ó © ä áç ó âç ß ñ ë ò ò 5 % # " ó â ä ü ü ß þ ò à ß ã ã ßè è ä ãç ð ä á Þ ãç ô ó ß ã ë â ß ß ð ê Þ á ä ß à ë ó ß ã äè ï áè ä á ß à ä â ß Þ ã ò ßç ãçèç é äçè ß " § â ëç ò ïì ß â ß í à ë óç à é ê Þî ë ô (¤ã Dt¢t§ì ¢P£vg¢P¢P¿¿v³¨t¿P£§p¢ÅtbP£e¤ã ãò äß ê Å¢tg ¦ Å(¤ã ¢DtU¦Pã tP§xt¿Rŧ9rv ÅÅ¢PvUy¢tPR¢á ¥ þ ß ð ê ê é òßáà ï ëò ßòß Þ ñ ë àì â ëç ã ä ñ à ëì âç ß ç à ë í ß ã ä á ß ô þ ò à ë ã ä îç ó âç ã â ß ó â ß ð ß ó âç ß ã ä ß à á ë ã ã à ¿9£åv9wv(v9£bR¦PvnUtë ¡ Ñä ¢ RD¢£¢ Pb¢Åt¿ý¦ÅvPò ßâ â ü ù û ò ßè ë à ð áç ã ß â ß í ëè ê Þ ð ó ß æ à ß î9tÅrDvÅ¢vÅw§fvt³v£Å(Åvbvtdã 9¢´¿wÅPRD9pÅvá â ë á à ë ò ã â ß æ ß â ëç ò ïì ß â ß í þ ò ó ë ë Þ à ë é Þ íç ß â ß â ß í áç ó ß à ð êèè ä â ëç ã ä ã ï ð ñ ë Þ áç Þ ô ß ò ë Þ ã ò ä èè ß ô ò £ D³PtWvoÅä ¤û ú ¢ù £t¿ã t¢P¿XPvvt££@¢p¢D9¿9@¢P9ð ¡ ò â ëç á ä à ß ã âç áç ã ß â ß í ó â ä þè ä áç ñ ß Þ á ëç é þè ä áç ò ê Þ ßt¢p´¿Dt¢p¿v(9¡ýD³bPt£P壿v£å³¢¢v£ÅP¿¿9dÅ£§ à ï ò ä ß ñ êèè ä ã â ß ñç à ß ð ß Þ áç Þ ô ß ò ë Þ ã ß ó ïè á âç ß ô þ ò ß á à ï ë ò ãç áçè ð ß à ë ü âç ä ã é ë ë ã à ßç ò ä ß ß é ê ä ñ â ëç ã ä ñ à ëì âç á ß àç ó âç ß à ß Þ ô ò ñ òç â ä í à |ÅP¢¿PŦwrÅPpŧ¿³ã ¦P9£XP¢³Ptë ó ßç ó ï ã ò îèè ß ô ò ò ßè âç è ä áç ãç à á ò ß ñ ë á ß é ã âç ë ð òç Þ Ý ü â ëç ã ä ñ à ëì âç ãç áçè ð ß ß à ë ¢9£¤¿¿¢P¦¿åWÅvP¿Pv¦t¦wytÅ(FoF|t¿Rŧ9G¿¿£Åpñ Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) h 4 ¡6 ½ @s¡ Ë Ç ¡ ½H ¼ Æ 2H2 © I ) £ 12H I ¼ I ¡ ¥ I ¡ 0 ) ¦4DI F¥ 44DR© §G44DD@§@¥ Ç h 4vDFy3 4@4¤¤tDP4¦³4¦¦¤¤@¦8DRW§¤@3 ¤o4§³¥ 44D4¤§o4@§¤@@6 5 32  I ¨ )2 62 0 ¡ 1 H I 02 1 ¡ ¨ 32 ¡ 0 3 ¡ 1 ¡ 0 ¡ £ 6 I Q 6 ½ 6 3 ¡ 6 ) 0 5 32 6 ½ Æ 2H2 © I2H ¡ 5 32 6 6 ¡ 6 p mg 2q WonX g X nX lk jih A$ f de ( ¨I I ( ¨ I A £B ¥ ( q¤ I A yw x ¨ I v ( w x g t u r qp h s£WD ¤ i f ëâ óâ U£Åä v Pv(ß U¦P¢ß ¡ Å9¦UDÅ¢Gŧ3 ãàß ð ê é óßà ë ß í ó ß Þ á ä ß à ëì 5 Q © t s v£Cþ r ß á âç ò ë ã êè Þ í ï ë rÅtPà ó â ë ðòßààëá t à ï £twP¢Ånr £G© tGPã PFR£Åv³¢w9¡yÅPt¢Å£G´t ü3 ë ñ ï ò ã ä Þ ã ò ã Þ íç ß ô ã à ß ð ß ß æç ã ä í ß â â ë â ß à ä ßÞ oÝ t üQ© t s t 5 r 5 6 © s ù 5 x r & % ¥& T % T S V Q % P Py¢Pv(9¡Fë T ß Þã þòãàß ð ß ì £ © & â ëç á ßèè ë á ä ñ ë àì ò ó ë ë Þçè ß öçè ò ï ò â ß ò â ë á í âç ã ï ð ñ ë á à ëì ò áç ã òç ã ä ã ò âç ãè ï ò ß t¿ã ¦¿Åvÿŧ9¿vt¿£P£vP£ÅvgP9ptrŧ¢¤Pv¿¿¦Pà â ô ë â öîèè ß ô ä òç ó â ë á ß ò ß Þ Ý ü ³R£e¿¿¢bwŦr£od Å9¦£¿9Pttá ED¢w9¡X¢ÅRã w99Pð ß í ó ß í âç ã ï éç à ã â ë v òãàß ð ß àß æë á ï ó ëà ß Þ ã Þ ãç ô PbP¿³Áþ 5 ur t 3© t 3 5 Q © s ¢D¢w9uq¤©¿¢Pt% w£¢wÅá r ò ã à ß ð ß ß Þ ã ì ë ê ãçèç é äçè ß à ) ò ï ò â ß ò â ë ß Þ ã ò ß ã äè ï áè ä á ó â ä P¢P£vn£Å'v ¢w9xPÿ9t¢ÅnÅPã t¢PXÅ ¤©£tP£åPã ã à ß ð ß ë ã í âç ó à ë á á ä â ëç á ä à ß ã âç ì ë ê ãçèç é ä é ë à ð ß Þ ò Åä t r DP¢Pç D³|Rù ¥ Pù £tPt8Å¢ÅvPbé ¢P£Cþ 5 ò ã ß à ð à ß ã â Þ áç Þ ô þ û ù ò ð ï ë à í è ä à ß æ ß ò ê óßò ï èßóë ñ © v99pø" © î ê òç ë â ä òç ã ò à ß Þ Ý ü ß ð ê ã ã â ß ñç à ß ð ß ê é â ëç ã ä ñ à ëì âç í âç ã ä à ä ð ß ò ê é ò ò ß à ó ó ÅX¤D£¢ oyÅ(¤svpP¢w9¡pÅPRŧ9XPRDwvPuq¢9Åä ß ô Þ áç Þ ô ò ã à ß ð ß ì ë ß á â ß ó â ß ð ß ó âç ß ñ ï ò ò ä Þ ã ë 9 ü V S R ß à ä ò ß á à ï ë ò â ëç ÎD³D¢w9¡od£¢9£v(v£¿pPÅxPÅ&D( ¢ ¦¤ PÅ¢DtxÅPã î ä ñ à ëì âç ó â ä % Rŧ9f£Å³( '¥ G£ÅPÅDvtv³C¢¢P¿¿ÅvDÅPu£¿uÅvá Pã ß à ä ò â ëç ã á ä à ß ã âç ß à ß Þ ô þ ò ßç ãçèç é äçè ß à ß á à ï ë ò ß âç é ñ ë ë ò ß Þ á ä ë à ð ð ä áç ã òçèç é ä é ë à ð ë ô ã à ß óç ò â ë á ß ¢DttyP¿££tP¤¢9£tÿ |t¿ã t¢P¿F£Pt§rÅPPt§9¿ç ü â ëç á ä à ß ã âç ã ä Þ ã à ëì â ëç ã ä ñ à ëì â í âç ã ï éç à ã â ë á ò ß á à ï ë ò ß Þ ã ì ë ò ßç ãçèç é äçè ß à è ä ï óç æç ó âç ß Þ ã â ë ó ß ò ä é â ëç á ä à ß ã â ¿9Pų¦DÅPy³¦¿©¿£¿¢P|Å£9¿9w¿£PÅ¢PÅwt¿ã t¢P¿ç Þ á ä ß ì ë ß à ë á ò ê ãçèç é äçè ß à ó ß âç é ñ ë á ä ß ã ä ß à á ë ã òç ö ò ä ã ó â ë á ß ò à ï ë þ ß á à ï ë Dt¢XPt·¤¿¿v·¦¿£ÅvÎUR¦PvgPgt·£Åv¢PrÅÅvtò â ëç ã ä ñ à ëì âç â ëç ã á ä à ß ã âç Þ á ä ß à ëì ò ß ã ä ñç ã ò ß ê ãçèç é äçè ß à ì ë ã ß ò ß Þ ã â ß æ t¿Rŧ9gÅPÅDvtgDt¢pŧ¢R¿¤¦x¤©¿¢PFÅvfxvt¿ç ü ó à ä ó â ä ã óè ë í ß Þ ã ì ë ã ä Þ ÁD£Åò ÅtP³£Pã ŧ¢ß ¡ 9(¤ã ñ ëàì òà ç ó ß ð ê â ëç á ä à ß ã âç ß ò ë Þ ô ò ß á à ï ë ß çè ä â ß ð ã ë â ò ß ë ó ãç ß á âç ò â ëç á ä à ß ã âç ì ë â ëç ã ë t¿ã t¢P¿Pt£³¢vtò v ¿Å£v(£¢9p©d£xt¿ã ÅDv¿³xt¿â ß ò à ß æç ó ß à ë ñ ä ò à ë æ ä Dvt¿9PtprDÅtì þ ò ß æç ã ä â à ß ãè ä ò ï ëç æ ß à ð ß Þ ã ß öçè â v¦ÅPRwP¢P¿wÅ¢P££Pt¿ ü ì ë ò ß ïè ä G¢£¿Åæ èvÅRë vty(£P(¿³³ÅÅ¢Åt Pv(9¡Cu£Åp³tw£ò èä ñò ê âä ñ àß æ â ß ö ä ã ß é ò ï Þ ã èèç ô ß í ä à ß æ ä ß Þ ã ò ã à ß ð ß èè ä í â ë ñ ä ã à ë ð ð ï à ß Þ ã à ïì ß æ ä Þ ã ë â èèç ô ò ß í ó ß ß ò ë Þ ã ì ë ê â ä ñ ß á âç ò ó ß ã â ï ë á òç ó êèè ä áç ã ä ñ ë ã ï v£PP§Å££s¿³¦Å9¦Pt£Påv£¿Pÿ¢Ptb¿¢RÅ9ä ß wé vW³£¢¢DtGÅ£ÅP@9ÅGÅX©vp¿uPFÅbDwCv¦Å9¦ß Åpñ â ß Þ ã èèç ô þ ò ß á à ï ë ò ã ï ð Þ í ï ë à Þ ã î Þ íç Þ à ë ãç áçè ð ñç ß Þ ã ò ä Þ á ï ò þ ò ß í ó ê â ä ã à ß ò ò ä Þ áç Þ ô ò ß á à ï ë ò ì ë ê ãçèç é äçè ß ¢Å·D³¢DtÅÿ¤¿¿ÅvF" ¢¢DtPFÅxÅPPÅ(ÅÎ9Ååpŧì ü ò ß á à ï ë ò ß Þ ã ì ë â ëç ã à ë ð ë à ð ó ë ë í ä à ë ê ãç ò à ä ð ò ß æç ã äè ß à ò ß ñ ï ò ò ä ß à ï ò ä ß ñ òç Þ ã ì ë ê ãçèç é ä áçè ð 𠤿D£P³ÅP¢Py¦£ÅFPÅ¢pq(Ť¿¿Åv¿£F¦ cDÅPu¢vß ¡ ë ü v ßáà ïëò ê é óßà t r ò ä ê ãçèç é äçè ß ò â ëç ã á ä à ß ã âç ì ë à ß é ñ ï â è ä ã ë ã ß Þ ã ò £ÅPÅDvtqGv(WÅÅP³ç v v³(þ ßàß Þ ô t w¨Å¤©¿¢Pà DB ed @ ` bF cH a 44 HG F DB @ EC A I P Y X V T R ¨ T PWUSQ 8 9 6 7 ß ã äè ï áè ä á ß PRvÅvÿ ¢£¿¢PÅP³w¢ÅÅpfv¢¤vw 5 t9¢ß © t¿ã ÅDv¿Ur£¿Rvá ü ò âç ß ã ë à ð àç ä ð â ß æç í ä â ß ß ô ã ß é ßíó â ëç á ä à ß ã âç â ä í âç ã ä îç ó âç ò ß á à ï ë ò ì ë à ß é ñ ï â ß Þ ã ß é ¿9£y¢DtÁq¢wuFPo( W£ü ãß ¨ ó ß ã ë â ß ó þ ò ß á à ï ë ò èè ä ê é ó ß à ¢¢9t¢ ¦DÅP£u¢vß ¡ ë ( ) ( % ( % & èè ä à ß æ ë ß Þ ã Þ ãç ô ß á à ï ë ò ä ì ë ã â ß ñ ß ß à í ä ß í ä à ß æ ä â ë ó ä ß ã ò âç ò ßçè ß 10¦¦¥'$ DvtRfP¿³DÅPrsF¢¢vÅÅytDvÅåtUŦP£¿¢¿¢Pà Þ áç Þ ô þ ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ä í âç çèç ã ï ã ë â þ ß æç ã ä â à ß ãè ä ó àç Þ ã ä ß ò ë ð ë à ð D³ÁDw´tÅÎgv ¿PrÅt¿R£v©Å´DPÿfPt(Åfß ü ò ß á à ï ë ò â ëç ã ä ñ à ëì âç à ß Þ ã ë ß Þ ã ì ë ß æ à ß ò ß à âç óè ß ¢¢v£ÅPt¿RPt§9³v8ÅÅvP¢U¿vÞ ó â ä ó ß âç ñ à ß ã ß ó ß à ð òç ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ß Þ ã þ ò ó ë Þ ã ß ñ ì ë Þ ã ë é â £n¢£¿pvPv9¢d´D£ÅntÅåov££Ppv(v¢ ü Wv © s 5 r òßã ï ð ñë ¢9pÅvá !)¨ 8x £P·PÅF v vtÑR£AÑé ¢vß ¡ å£ÅPÅDvPã ãä Þã ßãë ü ßáà ï ëò äãä ó ß Þã ê óßà ë ò â ëç ã á ä à ß y î âç í â ë ñ ä êè â ë ó ß ã äè ï áè ä á ò â ëç ã ä ã á ß ð ß ò ï ë í ëè ä â ä ß Þ ã ã â ß ò ß à ð ß à 5 9u£Åpdtd¦PRvÅv³£t¿R¢(9¡£ÅtÅ£ÅPvP¢voWv © s r óâä 5 £XWv © s ¦RpoutÅR@9tÅë t¿RDã ¢(9¡XÅpPyy5 © s r ò ß ïè ä æ ß Þ Ý ü ß í ä ö âçèî â ë â ì â ëç ã ä á ß ð ß à ëç à ð ß Þ ã òç r ßèç Þ ô þ ß í ä ö âçè ì ë â ëç ã ä ã á ß ð ß à ëç à ð ß Þ ã òç ¿³ÅtR¿XnÅP¢(ÅP£åP5 © s voý|Å£D¤´ÅÅÎä r â ß Þ Ý ü ó à ä ó â ä ãò óè ë í âç â ëç ã ä â íç ò ß ó ß ñ ä ò ß Þ ã ß à ä Þ ò ê ß Þ ã ìç ¿ÎÅP£ÅP¢9rpdpPÅ£Pÿ¢Po¿5 ¨ © g% U £vf¤ådß T ß à ä ò âç ß ã ë à ð ë ô ã ê ä ò íë r óßãë âß ¦P£v9ó © D££D¤tÅF£PXPã ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ß Þ ã ë ü5 t £ ù ¥ ¢£ 5 ! ¥ © t¿è 4( 520 3 4 520 4 520 20 (1 (1 ( &% &% #$ 't &% $"!"! t # ¨ © ( "0 ) §¦¥ £ ¡ ¤¢ % Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) IP ( d P¨ r qp s£WD ¤ h q ¤ £B ¥ f d P¨ dP ¨ d P¨ d G¨ §¦¥ £ ¤¢ 5 b DB ed @ d P¨ DB ed @ c ff §¦¥ ¥ ¤¢ §¦¥ ¥ § ¤¢ ¦ a` DX X B V TS 2 PYS39 d ¤ B WB U¢ Is ( H F ED C E B G¢ ¤ 'B ' A9 7 p B ¤ R' HF I QE B P¢ ¤ E © A9 7 p B ¤ @8 â ëç ã áç ó ß à ð â ëç ã á â ïì ß Þ ã âç ò ã Þ íç ß ô ß í ó ß ò ä ß ò ï à ë ÅP¢åÅP£§uPå¿GÅvt9¢GÅ£yŧì óâ £ä x íâ ç îò ï 5 r £Q © s ¢P¿¿Å£Åð ÅPã t¢Po£wvP£ÅvD9Åy£þ t av¢Åç ò ßç ãçèç é ä é ë à â ëç á ä à ß ã âç ò ï ò â ß ò â ë á âç ä ã é ë ß ô r ãßò ä âß æ üA £B@ D r óâäþI £Å9W D rþFA PCU D r ß à ß ô ò ß ïè ä æ í âç ó â ë ð ò ß à à ë á ß Þ ã þ ß ò ï ë svo¢R¿£Å(¦PÅvPtwÅpñ àë t§ Åvt¿ã ¢(P¢q£A I D ü êè ß æç á ß ð ò ß à þ A r óâä DA £bQBI D r Rä ã ë ã â ëç ã äè ß à à ë á à ß ô ë PÎÅP¢PÅvu¢Rè êè ã Þ íçè ò Þ ãç ô 5 A Pt¿x©³Cþ BY D r © ! óâ wä !B'x f¢£ÅÅX¢P¿¿ÅvÅë ê é ó ß â íç ò ò ä ò ßç ãçèç é äçè ß à ì y ã ß ò ß Þ ã â ß ß ô ã ß é â ëç ã äè ß à à ë á Þ íç Þ êè ß ñ ß à ã ß â ä ó â vrb¢v¤(åÅP¢PÅvxÅf¿¢pvP¡Îÿ££¢ |¢Å¦Åt#ü `Rv(é ß ô þ ã ò ä ß ê à ë § 5 ô ëè ß ó ß éç à á ò ß ¢(PvP¦9ó © v£Å§Pv(¿R£R¢FŧD££D¤UÅÅFÅWv³Åwþ ! ß á â ä ñ à ëì à ß ð í âç ã ä ïè ä æ ß à ëì ò ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ò ä èè ß ô ò ä ó â y £Åä !B'x |D££D¤ÅtWtwÅp8t§ì 9Pq2 âç ò ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ò ä ß ò ï ë ñ à ë û ò ê ä ô Þ ã ä w8ŦÅWt§ì ó âä ãò äß ê à ë £ û í ëè ä ã ä V è ä â ëç á â ï ¤tÅDR¨£t¿ã ££§ 2 ¢ wsP£ÿ ycF b`G$QcGÅuD£¢vpt¿PPtä h ß Þã ßò ï ß ü 0(2 # "i F ò ä Þ á ï ò þ ò ã â ß ñ â íç ò ò êä ô Þãä ð à oPRwÅë ÅP£§pÅp¦t£¢(¤¿¿p9£¡¢¢(¤pt¿ã t¢P¿|Åë â ëç ã á â ïì â ë ó ß ò ä é ò ß ð ê ã ãç áçè ð ñç í âç ó ïè á ß þ ò ß ð ê ã â ëç á ä à ß ã âç ì ã ß ò ßè é äèç ä æ ä ß Þ ã ë v¿ÅRrPUã óâ £ä ! í âç êè ð ð t r ò ã â ß ñ â íç ò ò y !)¨ x £¿ä svpt¿PPtä ê ãçèç é äçè ß à ì ë ã ß ò ä âç ä ã é ë ß ô þ ò ß ñ ë â ß í ß ò ï ë ñ ó â ä ã ò ä ß ê ß Þ ã ì ¤¿¿Åvy³PpD9ÅX9v¦tvtX£tpd£ÅF¤t¢Å£PWÅë Dt¢oÅ£§ Þáäß àë üßóë t99â ä ó â ï ë à ä ó ë ë Þ à ë é Þ íç ß â à ß í à äè ä í âç à ß óç ò â ë á ê é ê ãè ï á ç ó òç Þ ã ò ß ñ ë á à ß æ ´£tPÅA9Å(t¿¢vtPÅÎxv9wÅ´A¤¿r 9d¦pÅDvtRë ñ Þ ãç à ë íè û ù £P¿PtÅä ¤F ß Þ Ý ü â ëç á â ïì â ô ë â ö â ï Þ ãç ô ò âç ß ã ë à ð ê â ä ñ ë oWÅPã w§³RfP¿³³£vdÅpã ó ß á ß â â ë á òç ß ó ë â ä â ß Þ ô ó ßè ä ß æ ß à ò ¢ã ¦Åvs³99Xrv³u¢¦Å¢Pqç ì ë ß í ä ã â ä æ ó ä òç ó ß â ÅÅR9tP9FG© ¢Åvô ü ò ã Þ íç ß y $ ßíóß òä 5 r Å¢tQ © s ÅfwfPÎp¢§à ì ë ßò ï ß Þã ëã òà ßì ß ßèç Þ ô ò ã Þ íç ß ô ß í ó ß ñ à ëìç â ¿³pDtt¿¢ft9¢#Pt§©£ï ìpP£PUG¢§à ë ßò ï ß Þã ëã òà ßì ß þ ß âçè ß ò ä é ä ò t¿¢t£¦ CPt¤vâ vx¿XDÅ(é ü öà ë ôãß âç ß ã ë à ð ä âç ò à ë î9t¿¢³D©UÅP£§p¤¿Pt¤¥5 ¢tt¿¢ô © Pr¢t¿Pųç vð ³R££ï Þ íç ß â ò ãç ì ë â ëç ã á â ïì ê ãç à ë ¤ ä ñ ó ß ã Þ íç ß ß Þ ã ó ß â íç ò ò ä ò âç ß ã ë à â ôëâöâ â ä ê é ß à ß Þ ô " â ëç ã äç á ë ò ò ä ê é ãèç ï fvv£³w#t¿R9PPtå¿¿£Åí §Åb¢PÅ£yç P¿PtÅù âë óßòä é ò ñ Þ ãç à ë íè ä à äè ï ð ë Å£Å(ð y $ ß Þ Ý ü ò ß Þ á ä ë à ð ð ä áç ã ß à ë ß Þ ãî Þ ð ä à í à ß óç ò â ë á êè â ë ß ô þ â ëç ã ä ñ à ëì âç ß òç ô àç ä o´v¦DÅP£Å¢P@9Åt¢9£t·t|ÅPpŧ¿³¿Å£ð ßò P£ï Å·ó 9p·£¿¦¿b¿£DÅñ tpÿ£ D9påPvPtvã ãëâ ë ò ó ë Þ ã ß ñ í âç â à ä ßè ß âç Þ á ä ã ò ë ñ ß á âç ü û ù ò ó ë Þ ã ß ñ áç ã ß à ë ß Þ Þ ð ä à í ó â ä û £ í âç â à ä ßè ß âç Þ á ä ñ ß ó ïè á âç ò ó ë Þ ã ß ñ â ëç áç ó ß à DÅr£GPB¿£PÅ¢FDÅy9££9PvdÅPã 9¦Pð ÅP£§pvPÅP2 â ëç ã á â ïì âç ß ã ë à 5 6 )(43()20)(('%£#!©(ÓW & 1 ¨ & $ " ¨ Ô Ô ü à ß ã ã ß é òç ó ë Þ ã ß ñ â ëç ã ä âç é ñ ë á ê ãçèç é äçè ß Þ áç Þ ô W ó â ä þ à ß ã ã ß é òç ó ë Þ ã ß ¦vvwo£PpÅP£¿£Åvd¤¿¿và D³5 £Å£¢¢PP(³9pñ ã â ß ñ â íç ò ò ä ê ãçèç é äçè ß à Þ áç Þ ô 5 þ ò ðè ß Þ ò ß á à ï ë ò â ëç ã á ä à ß ã âç ì ë ê ãçèç é äçè ß à í â vpt¿PPt天¿¢PÿD³G7 ¢£vG¢vtÿÅPÅDvPÅf¤©¿£¿¢PUç îtwÅv£rv³63 PRw¿Å¢fCtADŦ´¢ £´t¿P¢9¡Uvtí ã ä à ë ð à ë á âç à ß Þ ã ß Þ ô 5 ß ã ä ïè ä æ ß ß ô þ ö ò ä ã Þ á ä ß â ü ä ã ä ó â ëç ò ò ß à ð ß ß â ß ñ ë àì ò ö à ë ô ã ß â ê à ë ã äè ï í ß à í âç â à ä ßè ó â ä â ëç ã á â ï âç ß ã ë à ð í âç à à ßì âç ò â ëç á ŧF9ŤUÅP£ÅvUPÅ¢bwxÅP£§ì ¿¢PPv§9X¢wÅPã tä î à ß ã âç ó ß ã Þ íç ß ô ì ë ß ò ï ß ö ä ñ â ä á Þ áç Þ ô ò ö ò ä ã ë ô ã â ë ò ßç í ß ã ä à ã ò í âç ã Þ íç ß Pvtx¦PÅvFwrÅÅpA¢·D£³9PÅ夷Ŧ¿tvRDPbPÅvô ò ï ëç à æ ß ã ß à ä £t¿äRÞPPÅ£ðpÅpßÿ IÅPÅDvtåDt¢yŧF6I © s( t¢pv£vw£Åvá ñëá ü â ëç ã á ä à ß ã âç Þ á ä ß à ëì 5 r ßà ïò äß ñ ßá âß ó ¢ â ë ä´¿Å9étxPãt¢pâÅÅä´DŦߴ©ç³ô r q 9D ¤ h £ä x £B ¥ w´¢Psv¦DÅPò âç ä ã ë ë ã â ß ñ íç ò ò Þáä Þã óâ p q ¤ ßò ï âß Þã þòßáà ï ë â ëç á ä à ß âç ë ò ßç ãçè é äçè ß ÅPãÅDvPãgPã¢P¿¿çvàAt¿PòPt·ëPã ed )£ä ! §¥ £ §!B'x P£åÿ â íç ò ä D B @ ó â ¦¤ ¢ ¦ y ß ò ï ß ¤ Ü Ü s ØÖ Õ ÜÖ ! ¡ ¡ Ô ¥ ! §Ûw' Ø! Øx¢´(Ø¢Û§Ü0£¢S W ü ò ñ ßè é ë à ð è ä áç í ëè ëç é âç ß ò ï à ëì ê ãç â ï ñ ñ ë á ò áç ã òç ã ä ã ò ß Þ ¢vÅC¢tÅÅU¿XP£³Å§d¤©£pÅv³vPRD¤ã ñëà ŧì x ì ë â ëç ã ä á ¢ç ã â ß óç è ä ñ à ëì ã ò à ß Þ ã òç òç Þ ã þ ß í ó ßè ô ë â ö à ï ë ë Ý ü ß í ó Åt¿R¢w¤v99ŧq£¢ PyqPÅÅ¢³RqÅ8tÅ9¦ß à ß ð ò ã à ß ð ß ßè é ä áçè ð ð ä ß Þ ã à ß æ ë ß çè ä ñ à ë â ß à ã ò ï ñ ß ô ß òç ô à ß Þ ã ë â ëç ã ä ñ à ëì â ¢wyD¢w9³¿Åv¿£FvÅRv Ptv£oÅ ³P¢PÅut¿Rŧ9ç q ¤ £B ¥ ` ¥ ! Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) DXX B V T 2 PYS39 d ¤ B 2B US A9 7 p B ¤ @ I( ß çò Þ ð äà í ß Þã ß öä ñ ëã ö@ v XÅtyÅF³7 3 PtDÿ¦¢w9yt¿ã t¢P¿ÅÅ£PyÅpyé ß ò ë ë Þ á ß ü ã à ß ð ß â ëç á ä à ß ã âç ß â ë â ä Þ ã ß à ë ñ ê óßãàë ð ð ïò ßò ë Þã í âë ñ ¢PPÅ(PFPtÅpÅä Å£DR¢Å¢ÅC7 £¿PtDpu¦P¢vtsç Pç ñ ë ó â ä à ã ä ò ß í ó ß ö @ 3 í âç ò ë ë Þ á ê é ó ß ã ä à ß â ß í ò ñò î â ä í à ë Þ á ä âç ê í ëè ë ð ë ã ó ß 9PtDÅ¢ß ¿Åt¿twtPr¢9 ¢ ¦ t£tpdvRyP´RP5 ó © e¨á © 3 Pï ü ß ò ï ë ñ âç ã â ßè ä æç ï ß ß Þ ã ô ë Þ ò î5 ßà î íç § ¿³wÅvt¿ã ¢(P¢9þ ßèç Þ ô þ êè ß æç á ß ð ò ß à óâ £Åä ò ñ Þ ãç à ë íè ä â ëç áç ó ß à ©Åt¿ÅåÅPã 9¦Pð y $ ß Þ ã í âç ò ï ã ò ä ß ê âç ò ãè ï ò ß PAwd¤t¢tÑdD©P¢à RPd5 é © e5 ä © 3 Pt¿§ v¦Å9¦UPò pÅPÎPã ôë Þò î ß à ï íç üòßí óß ìë ãß ß ñäò ß Þ â ë ò ßç í ß ã ä à ã ò í âç ã Þ íç ß ô ß ã ä ïè ä æ ß ë ã ò ï í âç ô ëèè ä þ ê í ëè ë ð ë ã ó ß ¢ ä à ëì ò ß í ó ÅF¦¿tvRDPdPÅvuR£R¢dPG£d¿³RCÅÅt¿twtPå¢9 #Xŧ¢t9¢ß ë ã ã â ß ñ â íç ò ò ä 5 r Ppvpt¿PPtrQ © s DŦyÅf£ÅPt§¢wUÅP¢PpDvP£Åvb3 P£Å8§ Þ á ä ß ì ë ß á â ä ñ à ëì à ß ð ß æç ã äè ß à ò à ß óç ò â ë á ß à ï íç üv¦¿RutP¢PÅpÅPã 9¦PPty5 2 Ý © wÅPã 9¦Pq¢Pt(Åsv(£â ò ßç à ä æ óè ë Þ ò ß à Þ ã ß à ë á ò â ëç áç ó ß à ð ß Þ ã ò ä ò â ëç áç ó ß à ð ã á ß à à ë á ì ë à ß é ñ ï ò ïòàßæ £P¢Å5 P§ © £ÅP¢G¢Pt£X¢wuur³RP(tÅá V © " ¢£¢ 2 ò â ëç ã áç ó ß à ð ã á ß à à ë á âç ì ë à ß é ñ ï â ß Þ ã í âç ô ë Þ ò þ ß æ à ï óß îç ó ë ñ ä ß ã äè ï áè ä á ß ô þ û ù ¿99duR¢Ct ¡ RvG t9X¦ Ť¿Pt¤¥Ub¢9¦9Xç ä æ ßç é ä âç ß â ë ó ò ü ê ãç à ë ¤ ä ñ ê é ó ß óç á ß ó ò ò â ëç ã áç ó ß à ð 5 ê ä ô Þ ã ä £ÅP¢G$oP£ð © ÅP£§pP¿oy¢ã ¢ÅV ¤¿£¢PÅPPã â ëç ã á â ïì ßè ðç ãè ï ñ ì ë ò ò ß â á ß à à ë ü ìè ä Þ à ß Þ ã ë ß Þ ã ë ò ã â ß ñ â íç ò ò ä ê ä ô Þ ã ä vpt¿PÅs5 oPRwð © ÅPã w§ì ŧ¦Pã 9¦Pv£PwUv9GPÅdDÅí â ëç á â ï ñ ë àì ó ß áç ó ß à ð â ß Þ ã ó â ä â ß ó óç Þ ß à ä Þ ð ä à ß Þ ã âç ò âç ß ã ë à ð ß Þ ã ì ë ìè ä Þ à ëì 5 ò ê ä ô Þ ã ä Pý¿d£¿¢PÅPÿyÅ©Å£dt§©oP£ð © £ÅP£§vD³ývÅP¿Åæ ò â ëç ã á â ïì Þ áç Þ ô âç â ëç ã ä óçè ä îò ò ë à á óè ëìî ë ôã ß ò ï ¤tÎŧ@¤p£dß ü óâ £ä ò ñ Þ ãç à ë íè P¿ÅÅä y $ 6 DXX B V T 2 PYS39 d ¤ B 2B US ó© A9 H F p B ¤ @7 QE B P¢ ¤ E I ¥£ ¦¤Ï Ç @½ 4Ì Ð ¡ 52 6 5 1 ¡  Р¾ ) Æ ) ) ) 7 1 ¡ 2 Ì I ) 62 6 H I 3 ¤¡ ¤D! ÁDyD5 4H £ 9G¢E y3 84§¦Æ DRDI D X X B V T S ßò ï ë h 2 PYS39 d ¤ B 2B U8wÅfc5 400 600 800 1000 1200 Proteins predicted incorrectly (FP) 1400 1600 1800 p B ¤ $ R7 y A9 ßò ïë P£Åfh 5 á © 0 Proteins predicted correctly (TP) Proteins predicted correctly (TP) D X X B V T S ãò äß 2 GYS39 C ¤ B WB UŦs¢5 1000 é© 5000 p B ¤ $ R7 y A9 6000 ãò äß 5 Ŧs¡Bä © 100 0 0 Proteins predicted correctly (TP) Proteins predicted correctly (TP) Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ 900 800 700 600 500 400 300 200 1200 1000 800 600 400 200 0 Unweighted Majority Cons LinOP Cons NoisyOR LogLikGS LinOP LogLikGS NoisyOR PropGS LinOP PropGS NoisyOR Unweighted Majority Cons LinOP Cons NoisyOR LogLikGS LinOP LogLikGS NoisyOR PropGS LinOP PropGS NoisyOR 200 1000 400 Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) 4000 3000 2000 Proteins predicted incorrectly (FP) 600 800 1000 1200 Proteins predicted incorrectly (FP) 1400 1600 1800 900 800 700 600 500 400 300 200 100 1200 1000 800 600 400 200 0 0 0 0 Unweighted Majority Cons LinOP Cons NoisyOR LogLikGS LinOP LogLikGS NoisyOR PropGS LinOP PropGS NoisyOR Unweighted Majority Cons LinOP Cons NoisyOR LogLikGS LinOP LogLikGS NoisyOR PropGS LinOP PropGS NoisyOR 200 4000 3000 2000 Proteins predicted incorrectly (FP) 5000 6000 1 ) Q 6 ¡ Q 7 Æ 2H2 © I ) & 1 ¡ 2 Ì I 5 32 6 ½ 62 6 H I 3 4H @¤@¦WF¥ 44¦DR© @wy¤¦E o4@|4§¦Æ DRDI ó© 0 ¥£ ¦¤Ï Ç ¡ 52 ¦y@½ 4Ì ßò ïë P£Ååh ¨á © 5 0 D X X B V T S ßò ïë h 2 GYS39 C ¤ B WB U8P£Ååc5 200 400 600 800 Proteins predicted incorrectly (FP) 5 g D 77 1200 Proteins predicted correctly (TP) d ©5 r P QI © s( © p B ¤ $ R7 y A9 400 600 800 Proteins predicted incorrectly (FP) 1000 3000 Proteins predicted correctly (TP) D X X B V T S ãò äß 2 PYS39 d ¤ B 2B U¤t¢s¢5 500 1000 1500 2000 2500 Proteins predicted incorrectly (FP) é© 200 5AF dg D 3500 0 d ©5 r P QI © s( © p B ¤ $ R7 y A9 1000 1500 2000 2500 Proteins predicted incorrectly (FP) ãò äß Å¦s¢5 ä © 200 q¤ £B ¥ A p B ¤ 9@7 HQE B P¢ ¤ 'QB C F ED §¦¥ £ ¤¢ DXX B V T 2 GYS39 C ¤ B WB US H F ED C QE B P¢ ¤ 'QB 8 Ded U B@ 9 p B ¤ A@7 HQE B FP¢ ¤ E'DQB C) A9 p B ¤ @7 © ü â ëç ã ò ß ï |t¿¤¦ â ëç ã ä ïè ä æ ß ó â ë á ß ò à ï ë ì ë áç ð ë ã ß Þ ÅP£¿ÅRvv£t¦ÅÅåÅbã ú ¢ÅvRDP·PÅvb£Pn¤¿¿Å£ ò ßç í ß ã ä à ã ò í âç ã Þ íç ß ô ß Þ ã ì ë ê ãçè ä ï ß Þ ã ò ß âç ñ à ß ã ß ó ã Þ íç ß ô ß í ó ß Þ ã ì u¢pP¢PpÅvÅ9¦ß Åë RowPã t£PqttvAD³´¿v£t¿ã ß ïè ä æ è ä ï á ä ß Þ ã þ ß ò ä á Þ áç Þ ô âç þ ò â ëç î á â ïì è ä áç ã â ß óç ã ë â ã ï é ó ß ã äè ß à ò ß æè ë æ âç ó ë ë Þ à ë é Þ íç ß â à ß í à äè ä â ß Þ ô à ï á á £§8¢t¢9yÅyU¢RvF¢t¿tÅUÅ(ÅvGvtPÅdbv³yvv9ë â ä á òç Þ Ý ¢£oü â ä Þã ßòà ë Å£PuDÅô ŧPv(X¢pPpty5 ó © 3 £8§ © ñ à ëì à ß ð ò ß ñç ã ß ñ ë ò 5 ü íç y $ ß ò ï ë ñ âç ò ã â äç à ä P£Åpå³ÅRæ ! ß Þã ó â ä 55 £P£Å³Bä © 0£§ © ŦÅå³ÅRæ 3 ü íç ã ò ä ß ê âç ò ã â äç à ä ßÞ ã óâ £Åä x ßàß Þ à ëì ò Þ ð ä à í ß Þ ã ß à ä ò â ëç ã ð ß á ß ß Þ Å§s£DÅGPPÅwÅP9¢¡GoÝ y !)¨ x v³ô ü¢9p¢ÅvGrÅ£Pg2 ¢¢§s¦£¤v9ç ò ó ë Þ ã ß ñ ó ß ã Þ íç ß ô ß Þ ã â ä Þ ã Ý à ß ô ßì ò ß ¢ç ã â ß ó þ2 ì yP§ Åë y $ ß í â ä à ß Þ ã ì ë ã ò ë ñ à ë § ü ò ß æç ã ä â à ß ãè ä ó ß ã Þ íç ß ô ß Þ ã ë ã Å£DrP³Åtptv¦ÅP£P¢P¿x¦PÅvdå3 ŧ ¿ç ß à ï íç â y $ ò ß æ à ï á ß âçè ß ò ä é ß Þ ã ß à ä ð ñ ë á ß ô þ ò ã à ß ð ß ì ë ê ãçèç é äçè ß à ß æç ã äè ß ¢tPvr¿¢t£P£ptrW¢Pv(Å夿¿vt¿Rvà â ë ó ß ò ä é ò ã Þ íç ß ô í âç ò ï ì Åý¢PÅ£dÅv·P£ë Ræ £PÅýÅP¢ ¤D£¢ Pdv£ÅA8Ý ß ïè ä ß Þ ã ì ë â ëç ã ò ß ï ãòà ß Þã àß ôò â ä ë ü ã ò ä ß ê âç ò ß í ó ß ßè éç ò ò ë ð è ä ã ë ã ß Þ ã ì ¢Å¦Å¿o¦Å9¦X¿PPw|ÅÅPXWë BCF HD òãàßòò PvPPtä Þ áç Þ ô D³å ß öçè þ ò ã à ß ð ß ò ï ë ï á òç ñ ë à ð ì ë ã á Å¿vD¢w9uwÅvPpÅGÅp¢ß ¡ UDã t¢PÅvá ß ß Þã ò á äàßã â ïë ¨¨ ò ã à ß ð ß ßè ðç ãè ï D¢w9¿P¿uñ ŧPÅ(PU£¿¿£t8P³£¿©£t§uÅã tã ñ ë àì ã à ë ð ð ï ò í âç àç ï ß à ßèç Þ ô ò â ï à ßè ðç ãè ï ñ à ëì ßè é ä á ä à ¨ §¥h £ ¢q ¦¤ ¡ ¡ @ Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ 2000 1800 1800 1600 1600 Proteins predicted correctly (TP) Proteins predicted correctly (TP) 1400 1400 1200 1200 1000 1000 800 800 600 600 400 400 200 0 0 0 Cons LinOP 204k Cons NoisyOR 213k LogLikGS LinOP 306k LogLikGS NoisyOR 306k PropGS LinOP 511 PropGS NoisyOR 5k Cons LinOP 21k Cons NoisyOR 339k LogLikGS LinOP 3k LogLikGS NoisyOR 52k PropGS LinOP 4k PropGS NoisyOR 50k 500 200 Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) 2000 1800 1800 1600 1600 1400 1400 1200 1200 1000 1000 800 800 600 600 400 400 200 0 0 Cons LinOP 204k Cons NoisyOR 213k LogLikGS LinOP 306k LogLikGS NoisyOR 306k PropGS LinOP 511 PropGS NoisyOR 5k Cons LinOP 21k Cons NoisyOR 339k LogLikGS LinOP 3k LogLikGS NoisyOR 52k PropGS LinOP 4k PropGS NoisyOR 50k 3000 3500 1000 1200 ` 2 PYS39 d ¤ B 2B U@ DX X B V TS r qp DB @ s£WD ¤ h EC 5 DB @ ed ¡ d G©I A ( rp sq 9D ¤ h q¤ £B ¥ 5 d© P I ( Ix ( r qp s£WD ¤ h q¤ £B ¥ q ¤ £B ¥) ¤ q B ¥ r qp s£WD ¤ h r qp s£WD ¤ h ¤ q B ¥ r qp s£WD ¤ h §¦¥ ¥ ¤¢ DB ed @ DB @ EC ¡ DB ed @ DXX B V T 2 GYS39 C ¤ B WB US DB ed @ §¦¥ ¥ ¤¢ d P d P ¨ &% # þ ó ë ë Þ à ë é Þ íç ß â ó ß ó â ß ã ß ß Þ ã ë ã ã â ßè ä æç ï ß òç ó ë ë Þ à ë é Þ íç ß â ß ã äç ó ß ñ ñç ß Þ Á9Ptwt¿¢b¦9£¢P¡PXvR¿£t8å9Ptwt¿¢pPR9¦pPã ò Þ ð äà í ßò à ä ðò à ëì £ÅtqD£Pyŧ¢ ó ß ò ä é î ó ë ë Þ à ë é Þ íç ß â ß Þ ã Þ ãç ô â ëç ã ä âç é ñ ë ¢PÅ£e9Å(t¿¢£P©³t¿R£uÅá âç ö @ 7 â ä ß ¿X5 ÅC8¦pñ © Dv£PdPXwDvtX¤¦Å9¦bÅ))W © òàß Þãë ß Þã ò ïòàß æ 5òß í óß ö Y W ì ë ß çò ß íà ä Årv rtPÅè ß Þ ã ë ã ß ï ó ò ß òç à ä ß á â ß à ç ó òç Þ Ý PÎU9p¢PPÅ壢P¢ß ¡ 9roýü 5 7 £§ © ü íç ã ð ß á ß þ ò ó ë Þ ã ß ñ èè ä à ë 9vv9¢9pFrŧì ë ô ã ß Þ ã â ß ß ô ã ß é ß á â ß à ç ó ß á â ä ñ à ëì à ß ð ßè ã ãçè ß ß ò ß ô ß à ß Þ Þ í ï ë Þ ã þ óè ë Þ ò ß à Þ ¤³£Pv¢¤vw³v£vvß ¡ ov£Å§Pv(FP¿¢F³vÅtPÅÁÅP¢Pã â ß æç í ä à ë ¢ÅÅysŧì â ä Þ ã ò ß í ó ß à ß ô ßì ß ó ïè á âç èèç ô ò ã â äç à ä £¢t9¢q¢¢§o9££¿³ÅRæ x ß Þãþßæë é ÅÅR(ä óßãë â ò ¢PÅp¦ t¤©Pã ¦tfPAÅvppÅvÎÅÅUP¢£t¿ã 9¢vv§ì ü ê ãç æç á ß â â ë á ß Þ ã â ë ã â ß ñ ñ ë á ä þ ß ó ä ñ ß à ß ô ò â ëç áç ó ß à ð à ß ô ß âäß ñ òß æà ïá àßãàë Þ ¢p¢tPv¢PPÅ9 ü 5 9p³v(¢EPò ÅtGR¢9w¿£¢Å¢¿è © 7 Pt¿§ ¿ç ó ë Þ ã ß ñ à ß ð ß ç Þ ð ä à í ß ã ä áç ó âç ò ó â ß í ß ß à ï íç â â ô ë Þ ò ß à ä ß ò ï ë ñ âç 7 7 ³R£P£Åpfug D 5 Q © s wÅ¢tf¿pBF D r ó â ä ã ò ä ß ê âç A 5 Q © s wF¿P¢³" r í âç ò ï ò ãè ï ò ß ü óè ë Þ ò ß à Þ ã ß Þ ã ó ß ß á ß Þ áç Þ ô ò ß í ó ß êè â ë í âç ô ëèè ä ó â ä óè ë Þ ò ß à Þ ã ê ãçèç é ä é ë à ÁÅP¢PP¦vv9fD£³³¢t9¢¿£Åp³R¿f£ÅftP¢Pd¤©¿££tPð ä í âç d9 ¢ f¢vPu(fvGQ © s wÅP9P9uÅ9¦vvß ¡ 9ÅG¢ß ¡ oÝ ê é âßßò ß é âäá 5 r ò â ëç ã ï éç à ã òç ó ß í ó ß ã â ß à ç ó ì ë ã á ß ßÞ ü ß à ï í ã ß â ß Þ ã ì ë á ß é ï ò ß Þ ã òç â ëç ã ï éç à ã òç tPt£¢ ¡£PWÅFã ¦¤¤ PPUÅP9P9ó âç ãìç Þ ò òç Þ ã ì ë ã á ¿X©£XPqÅy¢ß ¡ £oG¢¢Åvd¤ufv¢¤vwX©£vPPvtGÅpPã ß ß Þ Ý ü ò ß æ à ï á ë ô ã ß Þ ã â ß ß ô ã ß é ãìç Þ ò è ä áç ã à ß æ ã Þ íçè ò ß Þ à ëì í âç ã â ï ë á á ä þ óè ë Þ ò ß à Þ ã à ß Þ íç Þ ä ã ŧÎPt¢Å³ÁÅP¢Prvt¿Îdä 9é x ãï ò ä â ëç ã áç ó ß à ð ß ñ ä ò ß Þ ÅvÅP¢fpbPã ßöä ñ ë Åxã ò ß ò ï ä á ò äç é òç Þ ã þ ö ò ä ã òç Þ ã â ¦wvdÅPCtpn¢ v¦DÅPgPDt¢pÅÅä ü ò ß á à ï ë ò ë ã ò ã â ß ñ â íç ò ò ê ãçèç é äçè ß à ì ë ã ß ò ß ñ ä ò ß Þ ã â ß æç ¤¿¿vyÅpvfpå·¢ÅÅí x ê é â ä Þ ã à ß ã ä ß à í ß é èèç n£u¢P¢Åf(³¿³ô ê é ó ß â íç ò ò ä ß ïè ä æ ß Þ ã þ â ëç á ä à ß ã âç â ß æç í ä à ë A¢t¿PPtåRfP|t¿ã ÅDv¿nvt¿tÎrÅ£§ ü s â ä Þã ß á â ä ñà ëìà ß Å£PwPt§¢wð x à ß Þ íç Þ êè ã Þ íçè ß æ ä Þ êè é äç à ä æ â ò ã â äç à ä vt¿£v¿tt¿Pò Åw´ÅR¿ç ÅRæ ß Þ ã þ ò ßç ãçèç é äçè ß à ß á à ï ë F¢¢P¿¿Åvbvtò ß âç é ñ ë á ë x tPã s à të ß ò ï ë ã à ß Þ ã ß Þ ô ì ë â ëç ã ò ß ï P£PFv³yUÅP¢£t D¿£PXoŧ ó àç Þ ã ß Þ ã à ë ü è ä áç ãç à á òç â ëç ã ä @¢©ÅPpñ î à ëì â â ëç á ä à ß ã âç ì ë ò ß ð ê ã ß ò à ß æç ó í âç ó ïè á âç ß à ß Þ ô þ ò ñ òç â ä í à ë ó ßç ó ï ã òî ò ò ß t§9ç t¿ã ÅDv¿X¢(¤PDvÅ9å9£w¿pv³C¢pPPtb¦¿9wPeP¦¿è â y ¿ç !)¨ 8x £Åä ! óâ ë ã ß æç ã ä â à ß ãè ä ßè é ä ïè ä æ ä ò PÅP£P¢P¿rw¿ÅUuç ã ò ß í í ï ò ò ãè ï ò ß ¤¦Åt¿¦Pà ß ò ß Þ ã þ à ß Þ ã ß í ë Ý ü â ëç áç ó ß à ð â ëç á â ïì ì ë ö ò ä ã ß Þ ã à ëì è ïì ò ò ß á á ï ò ò ß æ ë à ð èèç ã ¦PC¦v£PtÅ8WÅPã 9¦PÎt¿ã £§åPÅDPXt§8£§¤¢vv£PX¢ÅRq¿¤ò í âç ò ï " â ëç á ä à ß ã â ì ë â ëç ã ë â ß ò à ß æç ó ß à ë ñ ä í âç à ï ã ð ä á ã ò ß í í ï ò ò ãè ï ò ß £¿P£#t¿ã t¢P¿ç UÅPÅP¢Å9PtprP9¢¤¦Åt¿¦Pà ß ò ß Þ ã þ ã á äì â ü ò ß ë ó Þ áç Þ ¦P£¢Å¢ ¢¢9åD³ô !B'x PyD£ptPÅ£ÁDwtÅ¢PÅ£é ë ã ßè é ä à ä ð ñ ë á ß à ä þ ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ó ß ò ä y ú oPRw¡t¿ã £§xbwd·9ýD£³³vD©P¢à ê ä ô Þ ã ä ð â ëç á â ïì ä ß ò ï ã ë â ë ó Þ áç Þ ô þ ò ãè ï ò ß ß Þ ã þ ã ò ä ß ê âç â ß æ ¦¤t¢tý¿n¢Ås üv¦DÅPsvv§qÅ£oP£ÅppÅtP¢ÅvŢŢtp¿³PtXP¢£ptFP£Åpp¿ç ò ß á à ï ë ò à ß ô ßì ò ä Þ ß ò ï ë ñ Þ í ï ë Þ ã â ß æ ß þ ã ò ä ß ê âç ß ò ë Þ ã ë ã ó ß à ä ð ñ ë á ß ò ï ë ñ â ò ß á à ï ë ò ñ ë àì â ëç ã ä ñ à ëì âç ì ë ð äè à ß æ ë à ß ã ã ß é í âç ã ò ß í í ï ò þ ß ò ï ë ñ âç èè ä à ß æ ë ã ò ß ¢DtøtP§ÅPpŧ¿(ÅvtRqvPP(G£¿¤¦ÅÅ£ÅtwÅpu¿Å¢ÅRq¤¦wé ßÞ Pã ŧPv(FÅRæ ñ à ëì à ß ð ò ã â äç à ä ß Þ Ý ü ò â ëç áç ó ß à ð ê òç ë â ß à ë ñ ã ëè ä ß ã ä í ä ð ë à ð ë o¢£t¿ã 9¢dPÅÅpyPtwÅrPã ò ô ëèè ä þ ò í âç ã Þ íç ß ô âç ß á â ß à ç ó ä Þ ãç ô à ß Þ ã ß í ë ã þ Þ áç Þ ô ò ó ë ë FR¿R¢tPt¿¢¿wvvß ¡ 9G©³v£PtÅ|D£³8£Þ î à ë é Þ íç ß â ì ë ß ç ò âç ß á â ß à ç ó ò ï ë ñ à ë â ß â ä þ I A W ì twt¿¢q¢EPå¿£¢P¢ß ¡ 9F£tpPtvfÅ£BBbë u¿9¥Å£P£tñ ñ ï ñç ä ñ ä ò ä Þ ß ò ï ë ßèç Þ ô ò à ë é Þ íç ß â ¿³ÁDÅ(ÅvA A Åë £ oWÅwGÅt|¤t¢tsP¦wF¦ ¢t¿¢ô !)¨ 8x ì ñ ï ñç ä ñ ä ò ä Þ Þ ð ä à í ã ò ä ß ê ß Þ ã þ ë òè ü ò ã Þ íç ß y ì ë ß ïè ä æ ß Þ ã ß áç ô ã êèè ä à ß â ß í ß à ß ô ò ã Þ íç ß ô ß í ó ÅrRd£Prv³¤b¿Dv£vÅvDÅvrÅ9¦ß ! þ ß ò ï ë ñ âç ßèç Þ twÅpgd¿³ô þ¢Å¦Å´¿££Pp´PÅwpŧoÅvPvxPÅ¢vuDÅvt9¢oÅvP¢£â ã ò ä ß ê âç ò ó ë Þ ã ß ñ Þ ã ë é à ëì è ä áç ã â ß óç êè à ä ß â ß à ß ô ò ã Þ íç ß ô ß í ó ß è ä áç à ß ñ ï ß Þã ã ä Þã ó â ï ëì ß ô þ ã á äì â PyRwPU££Å§C¢Åf¢ ü 5 P£tñ ¿3 D D £PDvÅy¤t¢tå¿F 3 D ßò ï ë âç ò ï ò à ß æ ã ò ä ß ê âç © ò â ëç ã ï éç à ã òç ó ó â ï ë à í ö á ä é ã â ß à ç ó ë ã ß ï ó ß é ê ä ñ òç Þ ã ò ã ò ß í í ï ò ß á â ä ñ à ë £t¿9P¤9ΣtPtDt£pt¢P¢ß ¡ 9ÎPd9UwÎD¤¦ÅÅ££Åpŧì îPv(ut¿Rv¿¢PWvwÅP9P9tR¿b£ÅÅDt£Å§b¢ã ¢Åá !)¨ 8x à ß ð ß æç ã äè ß à àç ß Þ ã þ ò â ëç ã ï éç à ã òç ó ß í ä ö âçè ó â ï ë à í ö á ä é à ëì ó ß á ß à à ë y ëPÅp¿Pç ! ã à äèç ñç ò ò ß á âç v£ ÅP£ÅpxrwPt§¢wDÅdt8¦¤t¢Åê ü ß ò ï ë ñ âç ß á â ä ñ à ëì à ß ð ã ò à ë ô ß Þ ã ã ß ê þ ã ò ä ß âç ß á â ä ñ à ëì à ß ¿gv£Å§Pv(ð ¢(·ã Rbvpt¿PPtä ¤¿¿Åvà ! ãòß é ß Þ ô ë Þ ò ò ã â ß ñ â íç ò ò ê ãçèç é äçè ß ßÞ oÝ §¦¥ £ ¤¢ 5 §¦¥ £ ) ¤¢ " Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) rp sq 9D ¤ h h¦ r ¤ ( ) q ¤ £B ¥A §¦¥ ¥ U ¤¢ ¦DB @ Qed P r q 9D ¤ h p c ff G b I( I( 5 % & % ' f þ í âç æ ë ñ ß à ê é ££¿RpvfXò f ¦ ! ut£rÅ9¡C|ÅtqP¿¿ç ä tP§d¿Åò ì ë ß á ä ð ò ß Þ ã í âç à ëè ð ß þ Þ ð ä à í è äç ãç â â ñ ë àì í âç ã à ä ã Þ á à ä ß ò ß æç ã ä à ß ãç â ä ò ñ à ëì à ß ð í âç â à ä ß ¨ ü 5 r ( à ï ë ò ä Þ á ï ò þ ò á à ä ì ë ê ãçèç é ä é ë à DÅ¢PÅP¢P¿8pŧPv(³¢W£QI © s't|tD£P¦¢vDy¤¿¿wÅð ß Þ ã ã ï ë é ä ß í ó ßè ô ë â ö à ëç à ð ß ò ï â ä á ä ã ä F9twÅÅ9¦¿³R³t¿P£f¢ó tP§³P9 PÅ¢rPo©Åt¿¦ ñ ëàì ò 6 â à ä ßè ë ã ò ñ Þ ãç à ë íè ü ò ðç Þ ò â ëç ã äè ß à ß ò ë Þ ã êìç ã â ä ï ¢£¿££t¿RvXPd§©tÅ£ ò ! 2 V ßÞ ã ó£W¢£P£ÅP¢PfÅRÅ¢PsÅvPÅwvP¢¢PyvDv¦Ræ t¿P¢ð â ä þ ò ðç Þ ò â ëç ã äè ß à ê à ë ã äè ï í ß à è äç ã â ß ã ë ð ã â ß ò ß à ð ß à ò á à ä þ ò ß ïè ä â ëç ò ò ß à î ß ãâß ßà ðßà òß ë 6 üß ó ë ¡XvPò¢v¦9ó9FÅ99â DŦy¢y©ò ! 2 V © £t¿9P¤9夿¿wÅð Þ á ä ß ë ã è ä á ëè 5 ò â ëç ã ï éç à ã òç ó ê ãçèç é ä é ë à è ä â ëç ãç ó â á ì ë ã ß ò Å£ÅP¿9£tëqFP䣢¢RUvv¤(³¦¿v£v9wv(v9P£P9Åv³5 f ¦ "© ó â ä þ ò ßè é äç à ä æ â ß ß ô ã ß é ò ßç á â ß ó â ß ð ß ó í âç à ï ã ð ä á ! Þ ð ä à í áçè á ê ä ó ß á ß àç DÅ¿v9áÅΦPã ¦P9óf¨ãv£Å(tf¤XÅ£Þ P9 ¦ 5 p¡¢¿vv9ß ä ò âß â ë ð ñ ëá ë ôã ò ä 6 ü ßè ð ñ ä ß ã â ßèè ß á ât§£ £ ¥ vß " yvßPò © DRäÿÅ¢9¡p¢Åí tP§G9Pt¤vUPtPtvà ä à ëì à ß2ß ä ã ó â ëç ò ò ß à ð ß ß â ß ñ ë àì ò ö à ë ô ã ß â ê à ë ã äè ï í ß í â â à ä ßè à ëì ñ çè ä ñ à ëì í çèè ß ó ç¢Å§ò¿ÅPt§Îâ¿v99ëpñtwÿfPÅp5 P9 © 9ŤA¦Åo9 à äè ï ð ë ð ä ß à ä 6 ò ö à ë ôã ß â â äç ò ß ê ä )3 )¢P¨R§¥! )£ ¡| W © $ ¤ ¦ ¤ ¢ Ô Ô â Åë © êè ß ñ ä â þ ò ð ï ë à í à ß Þ ã ë ê é ó ß ã äè ï áè ä á ò ßç ã y !)¨ 8x ä © Pq ùù vp£¢£ÅÅv£Pp¦PRvÅvo¢P¿ç îèç é äçè ß à ß í ó ß í âç ò ï ò à ëç à ð ß ã ä ß à á ë òè ä ß ¿¿£¿¢PÅ9¦X¿P£8t¿P¢XFÿ 5 £ £¿8vvPovPò © Dvpñ ü ê ä â ä Ý âç ü òì ß à ß ß òãâß îç à ß ð ß ê ä à à ä ë à áç ñ ã ò ä ß ê W I A í âç à ß æ ë á ã ß ò ä ã ä ó â ëç ò ò ß à ð ß ä í âç ò ï ò ß â ß í D ¿P¢w9uDPÅtpÅ¢tQ63 ¿vtR³PÅDRdt¿P¢9¡uP£¦vtF à ëì ò öà ë ôã ß t§9Ť⠦ÅoGPÅ¢ß ¢¢P¿¿ÅvX¿£ÅvrPo££Ppñ â äç ò ß ê ä 9 â à ä ßè ü ò ßç ãçèç é äçè ß à ß âç é ñ ë á ë ã ò ó ë Þ ã ß óâ £Åä x ß Þ ã ó â ä 5 ë ô ã à ß ã ã äè ß Þ ã à ë ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ß Þ ã ò £o¤vPPRFŧì DwUtÅ£P³ç W¿Åtä © þ âç ä í ò ßç ãçèç é äçè ß à â íç ò ò ä ë ã ò ó ë Þ ã ß ¦¿©¿£¿¢Pt¿PPtPW9pñ ! ó â y x £ä !B'P ß Þ ã Þ ãç ô à ß Þ ã ß í ë P¿³W¢PvÅÅã 5 ò ß á à ï ë ò ê ä ô Þ ã ä ð è ä â ëç á â ïì í âç ó ïè á â ©¢DtdoP£ £t¿ã ££§9££ç © ¦DÅPfÅPã t¢P|¿År£FQ © s ò ß á à ï ë ò â ëç á ä à ß ã âç èè ä í âç ò ï 5 r ò à ëç à ð è ä à ï ã á ï à ã ò ó ß ñ à ëì âç ß ã ä ß à á ß ô ß à ëì ß é ò ä þ ß ñ ë â ß í ã ò ä ß ê ß Þ ã í âç ò DÅPWDP£P¤U¦Å§¿XP¢Pt§(³Åttvt³¤t¢ÅPG ü òè ß ó ë ñ í âç à ë á òî Þ íç Þ ß à ëè ð ß êè ã â ß ã òç ò â ë á à ëç à ð ã ä Þ ¢¢99pPteÅXPt¿9r¿vP£t³ÅFR£ã í âç ò ï ò ß Þ á à ä ß ò ã ä Þ ã ò ß ã ä áç ó âç à ëç à ð â ß æç í ä à ëì ß ïè ä æ ß á ä à ã P£¢DD¦G£P³¢Pv9£³ÅP£¢ÅÅpt§XRtÿ¨ ¨ ÅDvtfÅÞ ß í ä à ß æ ä Þ íç ¦ ü ò ß í ó ß à ß æ ë ê ãçèç é ä é ë à ð ñ à ëìç â ï ò ã à ß ò ò ä Þ áç Þ ô à ëç à 𠧢¢t9¢vtRÿ¤¿¿Å£Åŧ¿PvPPt´D³ÅP£d X Q& % T % ) Åtë V âä à þ Q © s të © ÅP£8Åã £P X C& % 8Åä ŧG¢P¿vb¢puXv99pñ 55 r àï à ëç à ð è ä à ï á ï à ã ò V Tâ ñ ë àì à ß Þ ãç ß ó ßè ð ñ ä ò ß à ä òè ß ó ë í âç ã à ä ã PPD ¢v99puvÅRdÅDP@Á¨ ¨ ÅDvt£PÅÅ¢Åg£Ås|ÅP¿P9ó ü òè ß ó ë ñ èè ä à ß æ ë ß á ä à ãî ß í ä à ß æ ä ß Þ ã ß í ä à ß æ ä ó â ä þ â ëç ã ï éç à ã òç ß ñ ë ò ñ ë àì ó ßè ð ñ ä òè ß ó ë ñ í âç ã à ä ã ò ì ë ã ß ò pÅPtP§´¦¿£ÅPò ¢99pgPPdv·ä ŧP¦9P£rPr¢(vbÿ à ëì ò ò ß á ë à ð òç Þ ã ã ä ß ð ß à ß ü¢£ÅP¢P¿tvtRt£PyÅÅ¢Åwt¿RDvP¿Dt¢8vPt£D¢99p¢(é ò â ëç ã ä à ß ãç èè ä à ß æ ë ß á ä à ã ß Þ ã ß í ä à ß æ ä ó â ä â ëç ã ä à ß ãç Þ á ä ß ã ä â ß ò ë Þ á è ß ó ë ñ ã ò ß ß Þ ã ì ë ß á ä à ãî ¨ ä âç ä ã é ë ß ô þè ß ó ë ñ í âç ã à ä ã ò ä â ß æ opt§|¨ $g¿Å9tp§¢99pf¿ÅfxvÅç ü ò ô ëèè ëì ò ä ß à ï ò ä ß ¢FR¿Å§ÅP£t¢pñ ß á â ä ñ à ëì à ß ð ßè í âç ò ä âç ä ã é wPt§¢wb¿t¿P·ýD9Åë o|DD¦A´¤©wt PbP£¿ÅRvg8Ý ß ô þ Þ á à ä ß ò ä ì ë ê ãçè ä ï ß Þ ã ß ã ä ïè ä æ ß ë ü äãä £ó t¿PP¦P£P³t¢P¢ç â ëç ò ò ß à ð ß ß Þ ã âç ã â ß à ß Þ â ò¦¿v£v£v(v9P£P9Åvyò ßç á â ß ó â ß ð ß ó ß à ï ã ð ä á 2 V Wvô RG£í ÅCDRpPqÅF0¨ ¨ © u8¦U U ß Þ ã èè ß ôë Þ ü üß þ äãä ó ß Þã ìë 5 & & T T ¥ & ß Þ ã ë ã á ß ð ò ß à Þ ãç ô ó ß à ë á ò òç è ß ó ë ñ ß ã ä óç ó â ä á Þ á ä ü ß ó ä ñ ß é â ä á ß à ë á SE Psã ¦wP¢r©³¢ÅvPwv99pFR9£ÅvDŨt9ÅF(¢FPtò âç ã â ß ñ ß æ ë à ð ñç à ß Þ ã à ïì ë â â ß Þ ô í âç ã ä âç ñ à ß ã ó â ä þ ò ß í â ä Þ á á à ä î ß â vpvtRPppv§b·¢³b£¿R£pP¢PΣÅsv¦ÅÅ£DDtë P¢ã ßòß Þ í â ë ñ ä è ß ó ë ñ í âç à ë á ò ã ò ß é ß Þ ã í âç ò ë ë Þ á þ ß í ó ß ßè í âç ò tÅ¢99f£¿ÅvPu¢(d£P£DytÅ9¦¿tåä ¿v9uÅå9tä í âç ã ßè ß ó à ë í âç ó ó # $ ! ü ò ñ òç â ä í à vPÅtÅë ¢9£¤©vo¢X¿££R(|¿³dDttÅä ¦t£é ó ßç ó ï ã ò îèè ß ô ò ò ßè âç ßè é ä ïè ä æ ß é èèç ô Þ á ä ë à ð ð óßò ä î ó à ä ó â ä ã ò óè ë í â ë â òç Þ ã í âç ã ò ß í í ï ò þ ß ò ï ë ñ âç êè í â ë à ã ò ò ñ à ëì à ß D££D¤utÅtyPGP¢ÅtPÅP£Åp¿XÅtP¤yPt§¢wð þ âç ä í |t¦ ü|¢P¢(vdã ¦ß ß ò ç Þ ã ß ß ò ã ë â ë ó ß ô ë ò ò ß ç ò Þ ð ä à í à ä è ç ñ ç ò ó è ß ç óßãäß ðßà á ¡ rPU¢dÅg9åxPr¢¢EP´£DÅrÅp¿Pn¢¿ê óâ £Åä x þ ßò ï ë ñ ⢠t£tp£ü ë ã ã â ßè ä æç ï ß êè à ä ß PovR¿£t8¿¦â í âç ö ä ñ y $ ¤ q B ¥ A9 p B ¤ @7 DXX B V T 2 GYS39 C ¤ B WB US DB ed @u r q 9D ¤ h p Ð Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) ò ó ë Þ ã ß ñ à ß Þ ã ë ã ò âç ä í ä ß æç ãç ã ß ð ñ ë á ó ß æ ë à 9psv£Pq£tÅFÅP¿PvwpÅvu¦ÅRð ß à ß Þ ô þ ò ßç í ß ã ä à ã ò í âç ã Þ íç ß v£³v¦¿tvRDPX£¿tt¿¢ô í âç ò ï ì ë ò ò ß â ß æç á £X¢¢ÅPã ¦ß ¡ pPå¢P¤wÅpv9pW|t¿ã £§b¿¢PÅPP9¦P£ë ß ß Þ ã ó ß ã ä à ã ò â ë ñ ß ó ß ô þ â ëç á â ïì âç ß ã ë à ð í âç ã áç ó ß à ð ì ö ò ä ã ß Þ ã â ü ã â ß ñ ò ò ß ò ò ä à ëì ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ä í âç àç ï ß à ã ë â ì ë ß í ä ã â ä æ ó ä ó ß ó ó PÅsPX¢ ¦t¢p¢PPtWŧGDwXtÅo³P|£ÅyÅDR9ÅX¦9Åä ß Þã òä P³Å£Þ £9Pv£¿¤9¡PGÅP£vP¿t¿ã ÅDPPRf³o¢v£ÅPt¿ã Åä ó â ä ò ó ë Þ ã ß ñ í âç ã òç ß ë ã ß æç ã ä â à ß ãè ä ß æç á ä à ã ã ä â ä òç ò ß á à ï ë ò â ëç á î à ß ã âç ë ã ê ãçèç é äçè ß à í âç â íç ò ò ä à ëì ó ë Þ ã ß ¢PbPÿ¤¿¿ÅvfÅÅpŧx£Ppñ ß Þã ãä Þ PR£ã R¿P¢G© ô ë Þ ò ò ãè ï ò ß à à ï DB @ EC 5 DB EC @ Ô Õ ØÜ Ú! Û Õ Ø 0(¦ §wug W 6 )2 ¥ I ¡ 2 HH I ¡ ¼ ) ¡ 0 I ¥ 1 ) ) Q2H Â2 È ) ¾ ) 5 I ¡ 3 4§e¤§¥ 4D8sD@@¢v44¤¡ 4D5 D¡ D@¤¼ 0 STRING LogOdds NoisyOR LogOdds LinOP MAGIC PropGS NoisyOR Cons NoisyOR Cons LinOP PropGS LinOP Rand2 LinOP Rand1 LinOP Unif5 NoisyOR Unif5 LinOP Rand2 NoisyOR Rand1 NoisyOR Uninformed Ç §½ 4Ì ¡ 52 DB EC @ 5 I( ¦ b h¦ r ¤ ¤ q B ¥ ¤ q B ¥ rp sq 9D ¤ h ü ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ä ß àç ï ß à ã ë â ò ß ë ó Þ áç Þ ô ó ë Þ ã ß ñ à ï ë ì ë ê ãçèç ã |Å£D¤ÅÅpX¿8PFÅo¢9UD£³U£PpotÅd¤¿¿P9ï ß Þ ã í âç ã ä à ã ò â ë ñ ß ó þèè ß ô ò ä ö ò ä ã òç Þ ã à ë y PdPRDP£t¢9|@¿¢GÅfPÅyt§ì !)¨ 8x P¿ÅÅ£pÅvGDPÅæ ë ã ßè é ä à ä ð ñ ë á òç ò ã â äç à ä ß Þã ì ë ß á â ä ñà ëìà ß PÅf£ÅPt§¢y2 vDv£Pÿrŧb¿£¿9¡wp ¿Åvà ¿£³r¢t9¢ß ü ò à ß Þ ã ë ß Þ ã à ëì ßè éç ß í âç âç ä ñ ß ßèç Þ ô ò ß í ó ß á â ß ó ¢ â ë á ã ò ß Þ íç Þ ß Þ ã êè â ë ß æ à ß ò ß à ð êè í â ë à ã ò ë ã à ß â à ä ßè â äç ò ß ê ä £¢9w£ts¢t¿PttP¢¦P¿tÅPPv£PÅ¢P¢Åo9 FR¿ä ß Þ ã ò ô ëèè ñ òç æç ã ä æ à ß ò â ë Þ á ï ü ò ó ë Þ ã ß ñ à ß Þ ã ë ß Þ ã à ëì 5 r PPRRvP£Åvá D£9 v9pvXPt§sQ © s ¢9P¤9rvtvGPtñ ó ß ã ï éç à ã òç ó êè â ß æ ß ß à ë ß Þ ã Þ ãç ô ã ò ä à ã â ë á âç 5 r P´©³¤tttn¿þ Q © s 9£Å(P¢PtfPAu¦¿©£tP£õR¿xÅpñ í âç ó â ë ð ò ß à à ë á ß Þ ã âç ò ßç ãçèç é ä é ë à ð ô ëè ê â ä ó â ä ò ßç ãçèç é ä é ë à ð Þ íç £¦¿©¿££tPÿÅÞ v§£UPP£ÿ¿£9´ ô ßì í âç æ ä Þ ë ã ã à ä ð âç ß ï ó òç óâ £Åä ! ìë Þã í âßàãò ß Þ Ý â ä Þ ã ã â ß ñ â íç ò ò ä ê ãçèç é äçè ß à âç ò à ë à à wPrvpt¿PÅA¤¿¿ÅvýptPvß vPÅvPboü ëã ãò ï é ëà ßà ë ñ ò x P¤wÅdÅppç s ã ä Þ ã ò ß ã ä áç ó âç ß á â ß à ç ó ß á â ä ñ à ëì à ß ð ß Þ ã þ ß à ß RwPu¢Rv9££¢P¢ß ¡ 9U£ÅpŧPv(UPsÅvF üx â ä Þ ã ò ß ïè ä æ à ß Þ íç Þ ò â íç ò ò Å£PF¢RF¢Å³wÅÅä ßàß Þ v³ô tUt¿ã 9¢åt¿ã £§ì ö ò ä ã â ëç áç ó ß à ð â ëç á â ï ß Þ ã âç â ß ß ò á P´A¢vPdã ¦ß ¡ fPDR¢(vpo´¢ÅR¿vPÅw@9tfpŧ¢Pvwé ß ß Þ ã ò ã ä ß ð ß à òç Þ Ý ü ò ã â äç à ä æ ß âçè ß ò ä éî â ë â ß Þ ã à ëì à ß ã ã ß òPt§¢wtÁvDÅp¿vPÅw£PXŧì s ñ à ëì à ß ð ã ß ê þ ò à ëç à ð ß âçè ß ò ä é ß Þ ã à ë x â ä Þã ßò à ë ô ò ñà ëìà ß wPPDÅXpŧPv(ð ßPÅF ¢¢vtt¿ã t¢P¿PG¤©¿£¿¢P|5 ãë ü ò ß á à ï ë ò â ëç á ä à ß ã âç ë ã ê ãçèç é äçè ß à í âç â íç ò ò ä êè ã á ß à à ë á âç à ë 5 © ÅPPtyP¢Pt£|ÅW" © â íç ò ò ä ë ã í âç á ßè í ß â ì ë ã á t¿PÅrPp£¿ã ¢Å¢y¢ß ¡ ¢RDP£ÅpvFRX¿vPÅw¿£¿Åp¢Pà ß ß Þ ã ò ß ã ä à ã ò â ë ñ ß ó ò ã â äç à ä æ ß âçè ß ò ä é í âç âç ä ñ ß ß Þ ã ì ë ß á â ä ñ à ëì à ß ð à ë ë ð ß Þ Ý ü ò ßç ãçèç é äçè ß à ó ß ã Þ íç ß Pu£ÅpŧPv(XÅ(£ov¦¿©¿¢Pb¢tt¿¢ô Åb¢PÅ£Gt¿£ï â ë ó ß ò ä é ò à ëç à ð í âç ò 6 rsq p9D ¤ h ¤ q B ¥ H WB 9 r § § ¨ ¥ ¦ £ ¤ ì ë ß ïè ä æ ß Þ ã ò ß ã ä à ã ò â ë ñ ß H ųRF¢P¤wÅpv9ó QE $ B ¤ B C ³£ÅpŧPv(¿Å¢ÅRqt³oÝ ê é ß á â ä ñ à ëì à ß ð èè ä à ß æ ë ã ò à ë ô ß Þ y ü £D ¨ ß ïè ä æ ß Þ H Rã QE $ B ¤ B C ÅÅr¢¢P9¢¢ÅÅ¢ÅvÅDPΨ ¨ oFRPW P£Å8§ ß æç í ë ã ó ßè ä á ò þ ò ß í ä à ß æ ä ß á ä à ã ß Þã ò ôë Þò ß à ï íç y ü 5 WB 9 r £Åä óâ òã âß ñ â çòò ä ê ç é èß ñ ë ó â äà ë ôã ó â ä òãàß H H 2B 9 r © Dt¢pÅíÅ夿ãç¿èÅäçvà Å£Dd¤åwy5 ¤ B C © D¢wð î ß à ß æ ë ã â ß ñ â íç ò ò ¡³vtR³t¢pÅÅä ¤©¿£¿¢Pà Pt§©£9££9v¦¿vPÅwF¦ vD¢w9¡ß ê ãçèç é äçè ß ñ à ëìç â ï ä ß ó ïè á âç ß ô þ ò ß âçè ß ò ä é ò üòãàß ð ò ÅäåÅ¢9¡P£bWü 5 ÅPã w§rP¢Xŧø6 9 ¢Pve9££Þ ä © ä ã ä ó â ëç ò ò ß à ð ß ß ò ï Þ ã ë 9 â ëç á â ïì í âç ã áç ó ß à ð à ëì ó ßãì ä à áî ó â ä @ ¦ ¨ ©£©¢9¡ßpÅvâvX¿âã á9¢yŧëW©£Å£qt¢P¢ß ¡ 9qD¢w9¡ß 7 ó âä 5òß è ð ñ ëá çßãëà ð í ç ç óßà ð à ì 5òà ï ë âä Þã ã âßà ç ó òãàß ð © ¡ ¢ ¡ ¤£ ÐÐ Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007) 200 Average of LL Trace Over All Iterations 400 600 800 1000 1200 I¡ ( @¦ ¨ 7 §¦¥ £ ¤¢ r qp s£WD ¤ h ¤B C 3 B 2 2 #) B « 8 ~ 8 W 8 ~ G { µ m µ % µ &(&1Cr S &r ¨C Y k ©¦yP ¨h&¡&i$adGGµ B 3 % 2 2 # º ¶ ¦ X « ~ 8 W 8 { µ d µ (&&1) ¢¤¦§sGP§v³v ©¦ Tk ©¦qP h&QFpµ S B 3 ¢ 2 2 #) % ¢ |z y y x v g ¦ ~ « G u U l µ u B µ $¨(&1t$¨# k }1{tQ!w5¢¢DD¢§s¶ k ©¢qP qU (t¡yµ (B 2 2 #) 2 2 ¶ « U© G £ W 8 f µ m µ l µ m # µ 3 S (H10(&B k fqY k ©¢sP qai5&QGtGµ B 3 R¢) ¢ g º ~ ~ X k W W 8 D µ i µ E W 8 G Ugg U r µ i µ ¢ µ &'R&ji' k ¤ k Rv$ X ¢§¤¦¤§¢ Tw5&C9u¡&qhsÅ99µ ¤B 3 # 2 2 #) R e « ~ ® « © rg ¥ 8 u µ u µ p 2 µ &(H10¢ k de§P9P¤ ¢ k ©¦yP 5¨75&ÅytX0µ (B 3i22# % u e « « µ (((H1) S (B k 5TPv§ k ©¢sP a¡h5&q5µ mµ &# « 8 © ¥ U W 8 p D R 3 2 2 2 #) % n f « ~ ® « G U W G ¥ d D r µ (((H1o(# k e§P9P¤ ¢ k ©¦sP q¡a¤¡¨µ mµ &# 3 r R R ¢ ) B ' # « ¶ « X « W 8 gg U ` µ { µ l ' µ &(CH((B k ¤8y§s©¦ Tk ©¦yP H7hT¨9CCµ (# 3 % 2 2 #) ¢ 2 u e e « « µ (&&1j¨&# k TPsw¢§ k ©¦qP q¤7¡0eÅ¡µ &# « G U Eg D µ p µ i 2 2 #) r B u f e « « µ 3 S &&10&¢ tk TPs¢§ Tk ©¦qP HhaHkFpµ (# « W 8 U 8 p µ d % 22# B f e « « µ 3 S &&1) S h¢ k TPv§ Tk ©¦yP ¡tµ S # « g j µ 3 # 2 2 #) ¢ e « « µ &&&1¤B k ¡TPs¢§ Tk ©¦qP hkq0T´Åµ &# « U § U D µ r µ j B 3 % 2 2 #) ¢ « µ &&&1ji' S k TP¢§ Tk ©¦qP 5¡h9tCµ (# u e e « « 6© ` ` h µ { µ p # 3 # 2 2 #) i 2 e « « µ &&&1C(&B k ¡TPv§ k ©¦yP H7q0etCµ ¨# « G gg U D µ i µ p ¢ 3 2 2 2 #) i ¢ " f « « µ (((H10¨B k ¡Pv§ k ©¦yP q5¡h(57ftqpµ &# « G U E W U 6 W© r µ h 2 3 # 2 2 #) R R " f ~ « U U f µ µ { R µ (((H10(H' k ¡9P§9 k ©¦yP h!Ptpµ ¢ 3 i 2 2 #) « µ &(H10% S % k ¤TDPs¢ k ©¦qP a$¦¨µ ¢ u e « « G 8 µ i r 2 2 #) # « µ 3 S &&10&% S tk TPs¢§ ek ©¦qP (HVaqtµ $¢ u f e « « 8 d G U j µ j ' 3 ¢ 2 2 #) f « « µ $¨(&10# S # k TPs¢§ k ©¦sP q¤(@Gµ ¢ « G U E 8 p µ m i 3 # 2 2 #) B 2 e « « µ (((H1C((B k ¡TPs¢§ Tk ©¦qP &7a$h¡µ $¢ « © G 8 W U µ % 3 i 2 2 #) 2 i g ¦ ~ ¶ « µ (&&1C&(B k ¢¢DD¢§sf X ¶ k ©¢sP H¦5a5¨99µ S ¢ 8G ¥ µ 3irR¢ ¢ ~ k U E© µ µ p E W 8 U W U m µ i B µ ((&) S (¢ k P9(¢¢ 9h57TT¡ÅCH4q¡h4µ ¢ 3 % 2 2 #) # 2 © f ¦ ~ « 8 U© 8 µ h # µ &(H10&B 5k d@§¢XPvD v§s¶ k ©¦yP (q75&4qpµ $¢ 3 % 2 2 #) B « µ (((H10(B S k ¡TDPs¢ ©D k ©¦yP ¡aq0C(5µ (¢ u e e « « 6 W© G U D W µ i ¢ 3 % 2 2 #) ¢ % e f « ¶ « U E ¥ l µ l µ u 2 µ &&&1¨(R k T§¢§so¤ ¢ Tk ©¦sP h¤¨¡wtFtyµ ¢ 2 2 #) % % % e ~ « U U f µ µ 3 S &&10&($¢ k T¡9P§9 k ©¦qP q!tPuµ R 2 2 #) 2 ' ¢ « ¦ ~ « 8 W 8 ¥ d µ µ 3 S (H1C&$&¢ k !DPsV¢9Ps® k ©¦qP ¡&¡atpµ r # « ~ « ¶ « ¦ ~ x v « © u µ s µ 3(%2&2&1) ¢F(«§PFeÁ©¦9~ 9v|§s££4vWbvftev¢yqY wk ©¦qP 4¡ytµ ' 2 2 #) r f f « ¶ « G U E 8 p µ µ p µ 3 S (H10&' k T§¢§q³¤ ¢ k ©¦qP q¤(@t0µ i 3 B 2 2 #) R¢ g f e « ¶ « µ (&&1Ch¤R k T¡©¢§s£©¦ X « dk ©¦yP H¡a¤¤sµ % c « 8 b W© G ` µ h 3 # 2 2 #) ¦ Y « X « U W 8 U u µ (((&1CR S B k 4y¢§¢eq¡8©¦ k ©¦yP ¡HVtµ Tpµ S Dµi 3 # 2 2 #) R # " « ~ ® ~ I « E G 8 § E h D µ d µ (((H1C&(% k ¤Q§P9P¢9P Pk ©¦yP ¤¦HF¨Aµ ¡µ B 3 ¢ 2 2 #) B # " 9 « © 8 6© ¥ © j µ j µ ¤&&1C&&% k ¤A¤¢ @k ©¦yP ¨&(754ÅGuµ # 3 2 2 2 #) ' % # " « ¶ « © § © § ¥ £ µ p µ ((&&10(&$¢ k ¤!§¢§q³¤ ¢ k ©¦qP ¨¨¦¤µ ¢ Û Õ× B 8Q ¡&w rp sq 9D ¤ h ü ò à ß Þ ã ë âç ò à ë à à ß ë ¢¢PÅU¿DÅP¢ã ãò ï é ëà ßà ë ñ ó â ä ò öò äã ãò ë ñ â £ÅÅpU£Å9tFtpåç ë ã ßè é ä à ä ð ñ ë á ß é ë ã ß á â ä ñ à ëì à ß X¿ÅÅ£pÅvu(dPXv£Å§Pv(ð òã óßãäàãò â ë ñß D©ç ¢RDP£Åp¢9ó w¢P¿¿Åv¿£¿uÅvŧì 9PvÅP£vP¿Îtä ó â ä ò ßç ãçèç é äçè ß à í âç âç é ñ ë á à ë ó ë Þ ã ß ñ ß æç ã ä â à ß ãè ä â ä ò ó ß á ï ó ë à ã âç ß ¦£99Pÿ ¢9PvGvuPdPXD£pttô ü ò ó ë Þ ã ß ñ à ß Þ ã ë ß Þ ã ë ã ßè é ä à ä ð ñ ë á ò ä þ âç ä í |t¦ x s üt¤©¿£¿¢PX¦PpP¢´¦Å§¿gP¢Ptŧp3v(gP¢ÅÎPÅ¢è ê ãçèç é äçè ß à ì ë ò ß ã ä ñç ã ò ß ó ß ñ à ëì âç êè ã á ß à à ë á ñ ë àì ò ã ¢ ß â ß é êè ã ä ß à í í âç â à ä ß ã ä Þ ã ó ß ô ë Þ ò ß ô þ ò ö à ë ô ã ß â ê à ë ã äè ï í ß í âç æè ë æ âç ö ò ä ã ß Þ ã à ë £P·¢RPUs¢9Pt¤vÎPtPRtvà ¿tÅgtUpÅ£§ WÅPRw¿Å¢ß ü â ëç ã ä ïè ä æ à ëì ó ß ò ï ó à ä ó â ä ã ò óè ë í ß ñ ä ò ß Þ ã í âç ò ï ì ë ß í ä ã â ä æ ó ä àç äì â ï â ä ß æ ä Þ Þ áç Þ t§å¦£åÅ£D¤btÅÅPpdP£uÅÅR9tXbÅuÅwbD³ô ¤ q B ¥ DB @ EC Ð Q0I¡ R@DP4H 32 ! E 32 " ¡ B2 ¨2 7 5 32 1 ¡ ¡ 0 ) & 4DGF4DC$ ¤4¢A4@986 4¤¤¤¢§(' % ¦#! ¢¤¤§¦¤¢ $" ¡ © ¨¡¥ £¡ Pacific Symposium on Biocomputing 12:433-444(2007)