Efficient Inference in Phylogenetic InDel Trees
Alexandre Bouchard-Côté Michael I. Jordan Dan Klein
Task: Inference in realistic evolutionary models Applications: - Multi-alignment - Ancestral sequence reconstruction
a: C b: T A T A C TA

Before:
...ACGTTGCGGTGAT...

...ACCGTGCGATGCT...

...ACCCTGCGGTGCT... ...ACGCTGCGGTGAT... ...ACGCTGTTGTGAT... ...ACGGTGCTGTGCT..

a d b

After:
A C

...ACCGTGCGTGCT...

...ACCCTGCGGTGCT...

C

G

G

C

A

T

G

...ACGCTGCGTGAT... ...ACGTTGCGTGAT... ...ACGCTGTTGTGAT... ...ACGGTGCTGTGCT..

c

c: T T

A

A

C

G

A

C

100

Score (SP)

a:

? b: T C G ? c: T ? ? ?

? d: ?

C

?

? ?

A

T

A

? G? ??

?

? ? ?
T

C

?
C A

? ?
A A

T

? ? ?

? ?
G

A

? ?
C C

90 80 70

?
T

?
A A

?CG

3

4

5

6

7

8

Poster : M15

Depth of the tree